栉孔扇贝（Chlamys farreri）是我国北方三种主要养殖扇贝中唯一的土著扇贝科种类，在我国主要分布在黄海北部和渤海海峡，过去一直是我国干贝的产出贝。在海湾扇贝和虾夷扇贝引进以前，其年产量占我国扇贝总产量的80%。但自1996年以来，连续的大规模死亡事件严重影响了栉孔扇贝养殖业的发展。目前，国内对造成栉孔扇贝大批死亡的原因众说纷纭，主要有：病原微生物如病毒、立克次氏体等的流行，扇贝种质退化，高密度养殖超过养殖容量，养殖环境恶化等多种观点。本研究主要从养殖密度、病原、遗传三方面入手，研究和探讨造成养殖栉孔扇贝大批死亡的原因。2000年5月~9月，按高、中、低三种密度在山东胶南、蓬莱、烟台筏式挂养栉孔扇贝苗，分别在大规模死亡前、死亡高峰时和死亡后统计死亡率和采集样本。三个实验点在7月中旬至8月初都发生了大规模死亡，最终死亡率分别达到90%、89%和85%。高、中、低三个密度的笼层之间最终死亡率没有明显差别，但在死亡前期和高峰期，各点低密度笼层的死亡率明显低于高密度和中密度的笼层。死亡期间，扇贝的壳高和全湿重始终保持增长，但随着密度的增加，扇贝壳高和全湿重的增长受到严重抑制。对死亡期间的瞬时生长率研究发现，随着时间的推移，栉孔扇贝壳高增长率趋于减小，而扇贝全湿重的增长率却在T0-T1时间段呈现一个高峰，说明栉孔扇贝在大规模死亡前经历过一个快速增重的阶段。大规模死亡主要爆发于性成熟、且处于繁殖期、2龄或大于2龄的栉孔扇贝群体中,平均壳高53.7±6.1mm，平均全湿重22.2±8.4g。结果显示，高密度不仅不利于扇贝的生长，而且对病害的爆发和扩散起着重要作用，实际生产中采用的密度（即实验中的中密度）仍太高，不利于扇贝的生长。采得的样本经解剖、固定，制成5μm切片后染色、光镜观察，观察结果表明：扇贝外套腔和鳃丝间有大量车轮虫（Trichodina sp.）寄生，各实验点、时间段车轮虫检出率为0~66.7%，感染强度为0~116个/切片，虫体直径30μm ~50μm；在约12%的切片中发现有大量的分泌物存在于扇贝组织周围，流行率在<WP=7>3.3%~33.3%之间，蓬莱、烟台两地采得的样本中发现较多，死亡高峰期和死亡后流行率较高，分泌物中间有大量外源微生物细胞和组织碎片存在；还发现了大型侵入生物，大小在0.1mm~1mm之间，在蓬莱、烟台两地的样本中发现得较多，而在胶南发现得较少；扇贝鳃丝和外套腔内存在大量卵细胞，说明扇贝处于繁殖高峰期，繁殖压力对扇贝死亡是否存在一定的影响还有待于进一步研究；除此之外，对180个样本切片的光镜观察没有发现可疑的能引起栉孔扇贝大规模死亡的病原微生物。栉孔扇贝的生长情况以及切片观察都表明，扇贝具有充足的食物，不会因饥饿而死。采用7条随机引物，对大连野生群体、韩国野生群体、中国日本杂交群体和在胶南、蓬莱放养采样得到的养殖群体，总共5群体140个个体的全基因组DNA进行RAPD扩增，共扩增出37条谱带，其中30条具有多态性。五个群体的平均杂合度分别为：大连，0.3360；韩国，0.3249；中日杂交，0.3539；胶南，0.3157；蓬莱，0.2862，最高的是中国日本的杂交群体，胶南、蓬莱养殖群体的平均杂合度偏低。五个群体的群体间遗传距离在0.0253~0.0396之间，遗传距离最大的是韩国海区的野生栉孔扇贝群体和中国日本杂交群体，大连野生群体、韩国野生群体和中国日本杂交群体这三个群体间的遗传距离相对都较大（大于0.0360），而胶南、蓬莱的养殖群体和大连野生群体之间的遗传距离都较小（小于0.0350），蓬莱的养殖群体与大连野生群体的遗传距离最近。结果表明养殖群体受多年养殖活动的影响，存在一定程度遗传多样性下降的问题，我国野生栉孔扇贝群体与养殖群体基因交流较多，而我国的扇贝群体与韩国、日本的野生群体相对交流较少，遗传距离大，引进外地野生种将对生产实践产生良好的作用。