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山核桃为浙江省重要的经济树种。近年来细胞生物学及分子标记的研究发现,山核桃中存在无融合生殖,天然群体的多态性不佳,存在iQTL(印迹数量性状位点)。印迹QTL与DNA甲基化有关,而DNA甲基化对生物表型起着重要的作用,是可遗传的生物现象。甲基化敏感扩增多态性(MSAP)是在AFLP技术基础上衍生的基于PCR扩增多态性的DNA甲基化检测方法。基于此,我们在山核桃中尝试MSAP标记,对山核桃甲基化进行了初步研究,研究结果如下:1、建立了适用于山核桃的MSAP分析体系,并对天然林中的山核桃进行了初步分析,将分析结果与山核桃AFLP、RAPD、ISSR、SRAP、SSR等分子标记结果进行了比较,发现山核桃MSAP分子标记的多态性水平(93.57%)最高。2、山核桃总甲基化相对水平和非甲基化相对水平分别为25.994±2.415%和33.381±3.657%,非甲基化相对水平大于总甲基化相对水平(p<0.001);总甲基化中半甲基化相对水平和内侧胞嘧啶甲基化相对水平分别为7.892±1.525%和18.102±3.940%,内侧胞嘧啶甲基化相对水平远大于半甲基化相对水平(p<0.001)。3、利用香农信息指数(Shannon diversity index,I)对来自3个山核桃亲本居群及其30个半同胞子代群体进行遗传和表观遗传多样性分析,发现山核桃3个亲本居群和30个半同胞子代群体整体的表观遗传多样性都远大于整体的遗传多样性(p<0.001);亲本居群的遗传和表观遗传多样性丰富,其半同胞子代群体的遗传和表观遗传多样性也丰富。4、AMOVA分析发现,亲本居群几乎所有的遗传变异存在于居群内(98.76%),只有很少部分(1.24%)存在于居群间,居群间差异不显著;76.7%的表观遗传变异存在于居群内,而有23.3%表观遗传变异存在于居群间,居群间的表观遗传分化系数(0.2331)远大于居群间的遗传分化系数(0.01236);半同胞子代群体间表观遗传变异来源占17.4%,遗传变异的来源占11.31%;群体内表观遗传变异来源占82.6%,遗传变异来源占88.69%,群体间的表观遗传分化系数(0.1739)大于群体间的遗传分化系数(0.1134)。5、山核桃的MSAP体系可用于薄壳山核桃,且其位点及位点数与山核桃存在差异。初步研究表明,山核桃基因组中甲基化程度高,且表观遗传及遗传多样性丰富。山核桃甲基化对其生物学特性及遗传产生了一定的影响,有待于进一步研究。