封闭群动物在遗传组成上具有杂合性，被广泛的用于药学实验和生物制品的检定等方面。但到目前为止，实验动物的遗传学质量控制标准主要是针对近交系动物，而对封闭群动物缺乏有效的遗传检测方法和控制标准，造成使用不同批次封闭群动物的结果不一致的现象，影响动物实验和检验工作。　　封闭群豚鼠，因其具有特殊的生物学特性和生理解剖特点，广泛应用于生物医学研究中的各个领域，常用的有Hartley豚鼠。我国使用较多的实验兔有新西兰白兔、日本大耳白兔和青紫兰兔等品种，也是遗传背景复杂的封闭群动物。由于缺乏有效的遗传监测，目前我国封闭群动物主要在繁育环节上进行遗传质量控制，使得其实际遗传背景尚不清楚，严重制约了封闭群动物的应用，而遗传监测是保证和评价其遗传质量不可或缺的措施。本研究以群体遗传学理论为依据，应用筛选获得的封闭群豚鼠多态性微卫星标记，建立了适用于封闭群豚鼠遗传质量检测的微卫星标记检测方法，并应用该方法对2个豚鼠群体进行遗传质量检测；同时，应用筛选获得的封闭群兔SNP位点，建立了适用于封闭群兔遗传质量检测的SNP遗传检测方法，并用该方法分析了3个封闭群兔的遗传多样性。为实验动物的遗传质量控制提供新的遗传检测手段。　　本研究分为两部分：　　一、封闭群豚鼠微卫星标记检测方法的建立及初步应用　　首先，通过比较新鲜抗凝血NaI手提法、血凝块手提法和试剂盒DNA提取法三种血液基因组DNA提取方法，为后续实验提供简便、快捷的DNA提取方法。其次，根据相关文献挑选出40个富含多态性的豚鼠微卫星位点，经过PCR条件优化、3％琼脂糖凝胶电泳和STR扫描筛选共获得25个扩增条带清晰、多态性高的微卫星位点。再有，采用筛选出的25个多态性微卫星位点，建立封闭群豚鼠微卫星标记遗传质量检测方法，对A、B两个封闭群豚鼠进行遗传质量检测，并计算其群体遗传学参数，包括平均观测等位基因数、平均期望杂合度、平均多态信息含量等，然后进行了Hardy-Weinberg平衡（HWE）检验和杂合子缺失检验。群体统计学分析结果显示：A群和B群的平均观察等位基因数分别为4.12和4.64；平均有效等位基因数分别为2.4232和2.7947；平均观察杂合度分别为0.4467和0.5062；平均期望杂合度分别为0.5195和0.5838；平均多态信息含量分别为0.459和0.518；Hardy-Weinberg平衡检验显示，两个群体分别有5个位点和6个位点显著偏离Hardy-Weinberg平衡（P<0.05）；杂合子缺失检验表明，两群体偏离遗传平衡的大多数位点表现出显著的杂合子缺陷（P<0.05）；不同微卫星位点群体间的平均 Fst值为0.1056，即群体间的遗传变异占总遗传变异的10.56%，遗传分化程度为中等；两群体的Nei’s(1972)遗传距离和Nei’s(1978)无偏遗传距离分别为0.3302和0.3204。B群豚鼠遗传多样性略高于A群。　　二、封闭群兔SNP遗传检测方法的建立及初步应用　　建立封闭群兔SNP直接测序分型遗传检测方法，选取多态性丰富的区域设计引物，扩增产物经直接测序后进行序列比对，共获得9个家兔多态性SNP位点；同时，建立封闭群兔高保真酶特异性SNP遗传检测方法，将高保真酶的原理与单管双向等位基因特异性扩增相结合，并引入硫代磷酸化修饰引物的抗外切酶作用，经筛选共获得20个稳定扩增、条带清晰的SNP位点，其中7个为多态性SNP位点。应用两种方法获得的29个SNP位点分析日本大耳白兔、新西兰白兔、青紫蓝兔的遗传质量。选用平均有效杂合度、平均多态信息含量、平均Shannon信息指数等指标对3个群体进行了分析。结果表明：三个群体的平均有效杂合度分别是0.1453、0.1696和0.1731，平均多态信息含量分别为0.1152、0.1313和0.1354，平均Shannon信息指数分别为0.2157、0.2451、0.2531。3个群体的变异程度青紫蓝兔>新西兰白兔>日本大耳白兔，该结果与以往报道的微卫星方法对3个群体的分析结果一致，但各项群体变异参数均小于微卫星标记的检测结果。　　总之，本研究通过比较最终选择新鲜抗凝血NaI手提法提取血液基因组DNA；建立了豚鼠微卫星DNA遗传质量检测方法，该方法对2个豚鼠封闭群的检测结果显示2个种群都符合封闭群动物的群体遗传特征，但个别偏离遗传平衡的位点，推测在饲养繁育过程中存在一定程度的近交现象；利用直接测序技术和高保真酶特异性检测技术，建立家兔SNP遗传质量检测方法，利用该方法对3个家兔封闭群进行遗传分析，其结果与以往报道的微卫星检测结果一致，验证了建立的SNP方法的有效性。这些研究为封闭群豚鼠和家兔遗传检测方法和标准的建立提供基础，对提高我国实验动物遗传检测技术水平具有重要意义。