加工贸易企业受“三率四价”及国际产业转移影响，传统比较优势不复存在，转型升级、重建竞争优势才是出路。对于以全球配置资源为目的的跨国公司主导的加工贸易，其转型升级的意愿与风险、成本与国内本土加工贸易企业是不一样的，对于不同产业的加工贸易企业，其转型升级的路径不应该是一样的，对于现实经营情况与经营能力不同的加工贸易企业，其转型升级的选择也不应该是一样的。J公司作为EMS行业的前三甲之一的跨国外企的在华子公司，主要以加工贸易形式从事生产经营。J公司想继续在行业内稳定基础，拓展空间，提升自己的竞争能力，需要实现“销售市场、生产方式和发展方向”这三个方面的转型，实现“产品结构、产业结构和集聚配套”这三个方面的升级。这样的转型升级路径选择是得到动态比较优势理论、国外加工贸易转型升级经验和中国宏观经济政策支持的，有其合理性。　　J公司要实现上述加工贸易转型升级目标，海关监管制约是一个需要克服的很大障碍。海关是中国加工贸易企业的主要监管执法机构，海关的监管现状对J公司转型升级过程中的业务转型、内销市场税费负担、生产能力升级、集聚配套实现、国际物流速度和成本等产生了实质性影响。　　本文主要以文献研究、实际案例研究和企业内外部数据资料查询等方法，根据国际上其他海关的现代化经验，WCO对海关现代化改革的建议、公约或技术指导规范，以及中国海关的经验与教训，分析海关对加工贸易的监管改革应该如何进行。海关应该从立法、流程再造、组织建设等方面进行改革，以适应加工贸易转型升级趋势、适应生产力发展要求。全文根据海关监管改革方向提出的七项具体改革举措，从微观企业的角度，说明了举措对J公司转型升级的作用和意义。其中有些举措是非常有新意的:如总量管理是促进海关简化加工贸易保税监管程序，便利企业、提高物流速度的重要思路;海关成为出口退税经办机构可以提高监管数据质量与加速企业资金周转;海关开发企业端关务管理系统并统一培训，可以规范加工贸易保税管理，为便利化奠定基础。　　有关加工贸易企业的转型升级路径选择的研究很多，有关海关监管改革的研究也很多，但从微观企业的角度，对海关监管改革如何体现微观企业的转型升级的需求，如何在加工贸易企业转型升级的阵痛中提供推力，有效促进个体企业的转型升级的研究，还是不多见。