高速公路经过多年的发展取得巨大成绩，高速公路网络基本形成并发挥出较强的经济效益，但是随着建设成本的提升，收费高速公路规模的快速扩张，建设资金缺乏的矛盾突出、高速公路发展政策法规调整滞后等导致高速公路发展中遇到各种问题，如有些高速公路收费无法偿还贷款利息导致偿债压力巨大，有些高速公路由于收费不规范导致暴利情况的出现，尤其高速公路通行负担问题也日益突出，受到社会的普遍关注。高速公路使用者甚至社会公众普遍认为高速公路的收费大幅度提高出行的负担水平，降低甚至减免高速公路收费的呼声不断升温，这类问题一再将高速公路管理部门推向舆论的风尖浪口，但是现有理论与实践无法回答社会媒体对高速公路管理部门提出的各种质疑。如何客观、科学、合理的衡量高速公路通行负担水平并构建相应的理论与方法，对解决我国高速公路发展遇到的问题不仅具有重要的理论意义，也有巨大的现实意义。为构建高速公路通行负担分析理论与方法，实现有限资源的高效配置，论文基于经济学的均衡理论、级差效益理论、可持续发展理论，运输经济学的运输供给理论、运输需求理论，以及价值流理论与博弈论等理论，采用系统研究与对比研究相结合、机理分析与定量研究相结合的研究方法，在对高速公路通行负担内涵界定的前提下，以高速公路运营产业链关键利益主体（高速公路运营主体、使用者主体、国民经济主体）及其之间的经济联系为依托，以相关利益主体在不同收费标准下成本与收益变化的对比为基础，以在高速公路收费约束条件下保证最小的成本最大程度上满足运输需求进而实现高速公路最大限度促进国民经济发展为主线，从通行负担产生机理、表现形式、变化特征、分析基础、具体衡量、合理性判断等方面对高速公路通行负担问题开展系统研究，得出基于运营主体、使用者主体、国民经济主体的高速公路通行负担水平均较高，对研究结果的分析表明高速公路通行负担较重主要源于我国高速公路发展相关政策，尤其是高速公路投融资政策，而通行负担水平与这些政策相适应。