自改革开放以来,伴随着经济的迅猛发展和所有制结构的变化,我国劳动力市场发生了深刻变革。在劳动力大规模流动进程中,农民工对城镇化的建设做出了很大贡献。但与此同时,农民工在城镇劳动力市场就业过程中也存在许多问题,特别是农民工和城镇职工的工资差距现象引发了国内外的广泛关注。农民工和城镇职工间的工资差距原因可以划分为两大类,一部分是由于劳动者本身特征差异导致的工资不同,另一部分则是由于歧视差异产生的工资差距。本研究旨在探讨在人力资本（教育、工作经验）、职业、性别、企业类型、地区等条件一定的情况下,由于农民工和城镇职工身份不同而造成的工资差异。首先,对农民工和城镇职工工资差距产生原因进行了理论模型的构建,从经济学角度和社会制度角度进行了全面的分析。然后基于中国居民营养与健康调查数据库（CHNS）对农民工和城镇职工间的工资差距展开了实证分析。实证部分主要分为三个步骤:第一步,基于明赛尔人力资本方程进行回归分析。结果显示户籍因素会对劳动者工资水平产生影响,相比城镇职工而言,农民工增加会减少整体工资水平。第二步,利用Blinder--Oaxaca分解法对工资差距进行原因分解。从平均值的角度看,由劳动力市场歧视导致农民工和城镇职工之间产生收入回报率差异的影响程度逐渐在缩小。第三步,考虑到劳动者存在异质性,使用分位数回归对工资差距进行原因分解,对低工资收入、中等收入以及高收入群体内部农民工和城镇职工的工资差距分别进行了工资差距原因分解。实证结果表明:歧视差异的影响在逐年减轻,但仍然是导致农民工和城镇职工间出现工资差距的主要原因。较大的工资差异不利于社会公平的构建,因此必须要尽可能减少因歧视导致的工资差距。综合理论分析结论和实证分析结果,本研究提出以下六点意见:加大教育资本投入,保证教育的公平性和普及性;增加企业相关技能培训,提高农民工的就业和获得高收入的能力,提升农民工工作技能;完善工会作用,加强劳动监督,杜绝不公平现象的出现;注重公平构建,完善社会保障制度,保障弱势群体根本利益;逐步取消户籍制度,采用统一居民制度管理,从根源上杜绝对农民工的歧视;找准定位,鼓励大中小城市协调发展,使劳动力市场配置更加合理化。