葡萄NAC转录因子的表达及生物信息学分析

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NAC基因家族是存在于高等植物中的,广泛参与植物生长发育、激素应答、多种逆境胁迫应答等信号通路反应的一类转录因子家族。本文以欧洲葡萄(Vitis vinifera)为研究材料,以欧洲葡萄中的NAC转录因子家族为研究对象展开了研究,通过构建葡萄NAC蛋白与其它物种NAC蛋白的系统发生树、生物信息学与实时定量PCR分析,研究其结构特点和生物学功能,主要实验内容如下:1.多序列比对、构建系统发生树,对植物转录因子数据库(TFDB)中收录的71种葡萄NAC蛋白与22种已发表的其它物种NAC蛋白进行多序列比对和系统发生树构建,结果显示这些NAC转录因子家族共分为5个大类(Ⅰ),第Ⅰ大类包含17个葡萄NAC基因,推断第Ⅰ大类NAC转录因子与葡萄的生长发育相关,非生物逆境胁迫相关NAC基因位于第Ⅲ大类,共有12个,推断此类葡萄NAC转录因子参与调控葡萄非生物胁迫。2.对12种非生物逆境胁迫相关NAC基因进行结构分析、染色体定位和启动子抗逆相关顺势作用元件分析。3.分析12种非生物逆境胁迫相关葡萄NAC蛋白氨基酸序列的理化性质、进行信号肽预测、亲/疏水性分析、磷酸化位点分析、二级结构预测、亚细胞定位预测、保守结构域预测、模序(motif)分析和蛋白质的三级结构预测。结果显示葡萄非生物胁迫类NAC转录因子之间存在一定的联系,其结构和功能表现出很多相似性和共同点,也验证了其符合NAC转录因子家族多肽链N端高度保守,C端呈现多样化转录调控区域的结构特点。其中VvNAC59氨基酸序列较长,多肽链C端表现出与其它NAC蛋白不同的RicinBlectin2结构域,但其结构相似性并不是很高,生物学功能有待进一步的实验研究证明,本分析为进一步研究葡萄NAC基因调控葡萄的生长与抗逆机制提供理论依据和参考。4.实时荧光定量PCR,对12种葡萄NAC基因对应的UniGene电子表达图谱分析显示,VvNAC17在叶中发现的EST序列数目最多。通过实时荧光定量PCR的方法,对VvNAC17在遭受非生物胁迫和外源激素刺激下的表达情况进行分析,在受到ET、ABA和伤害胁迫处理下,其表达量都有不同程度的增加,应答速度与表达量上都有所不同,说明VvNAC17转录因子参与调节植物逆境胁迫响应机制。以上预测分析与实验的结果,有助于对葡萄NAC转录因子调控植物的生长发育与抗逆机制的进一步研究。
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