本研究对琯溪蜜柚单染色体进行大量分离，然后使用LA-PCR、AFLP技术对其进行染色体分子生物学鉴定、分类，为建立直接的、操作性强的分子标记体系打下基础。主要结果和结论如下：1单染色体显微分离本实验采用琯溪蜜柚100 d幼果作为材料，进行单染色体微分离。在制片过程中发现，不同的酶解时间对解离的效果差异较大，用2％纤维素酶与0.5％果胶酶的混合液处理40 min～1 h均可以得到比较好的效果，背景比较干净，各染色体充分分散。在后低渗处理之后进行20-30 min冰水处理，制片效果好。以制备的微细玻璃针为微分离工具，利用粘取法在水相中对琯溪蜜柚染色体进行了大量的随机分离，得到32条单染色体。2基因组DNA提取及单染色体的体外扩增1)运用改进的方法，提取的DNA质量较好，纯度较高，无RNA和蛋白质的污染。经Sau3A I酶切，其产物为0.3～2 kb范围内均匀的连续带。2)对微分离得到的32条单染色体进行二轮LA-PCR扩增，结果显示：不同单染色体扩增产物所表现的DNA带分布不相同，有分布范围约在0.6～2 kb连续的DNA带，也有分布范围比较窄。3单染色体AFLP体系的建立与分析本实验共筛选20对引物组合，有9对引物组合PCR结果较好，其中5对引物组合A／D、H／L、X／S、C／G和B／N效果明显，PCR产物条带清晰可辩，在多次重复的情况下，实验结果稳定不变。因此，最终以这5对引物组合对32条单染色体进行AFLP扩增。通过改组AFLP扩增程序，发现Touchdown PCR程序部分采用连续进行四次Touchdown PCR，然后再进行低退火温度PCR，扩增结果最佳。分别使用筛选后的5对引物组合对32条单染色体进行扩增，所表现的结果呈现出明显不同的多态性；对第一小组中的8条单染色体还使用7个单引物进行扩增。通过综合分析，最后将32条单染色体归为21类，而不是9类。推测的原因可能是：1)在微分离过程中，单染色体难免会丢失部分的区段。一些相同条带没有扩增出来，因此不可能将他们分为同一类；2)微分离单染色体存在染色体结构变异现象，经过扩增之后产生不同条带，增加了染色体鉴定、分类难度；3)分子生物学基本实验操作过程中的局限性导致分类出现误差。