近年来,我国水禽产业迅猛发展,其中肉鸭养殖在水禽产业中占据重要地位。鸭肉在我国肉类消费产品中排名第三,因此肉鸭的养殖对于水禽业的发展尤为重要。肉鸭养殖模式对于肉鸭的生长发育有着重要的影响,良好的养殖模式可以减少肉鸭的应激,使肉鸭获得更高的经济效益。当前我国肉鸭的饲养量逐年增多,肉鸭在传统的平养模式下管理难度大,除病毒之外,细菌感染也是肉鸭养殖的一大难题。肉鸭笼养模式减少了环境的污染,提高了鸭舍的利用率,并且实现了温度、湿度和通风的自动化,提高了饲养管理效率。为进一步探究笼养与平养模式下肉鸭养殖的不同,本研究通过对笼养养殖和平养养殖的肉鸭进行细菌流行病学的调查和肉鸭生产性能的比对研究,为肉鸭细菌性疾病的预防提供理论依据并为笼养养殖模式的推广应用提供理论支撑。本研究共进行了七个批次的试验,将笼养与平养模式下各七个批次肉鸭的成活率、肉鸭养殖成本和经济效益进行了调查分析,结果显示:笼养模式下的肉鸭与平养模式下相比成活率提高9.07%,单只成本降低5.53%,单只产生的利润高1.52倍,笼养与平养养殖的肉鸭在宰前和宰后均没有药物残留,肉鸭质量都符合国家标准。结果表明,笼养肉鸭较平养肉鸭来说养殖成本低、生产性能好且经济效益更高。本试验共采集样品740份:笼养样品332份、平养样品408份。经过细菌的分离鉴定,本次试验共分离出细菌247株:大肠杆菌检出153株（62%）,葡萄球菌检出39株（16%）,产气荚膜梭菌检出55株（22%）。其中笼养模式下大肠杆菌、葡萄球菌及产气荚膜梭菌的检出率分别为25%、3%和8%;平养模式下的检出率分别为37%、13%和14%。以上结果表明,虽笼养肉鸭较平养肉鸭细菌检出率差异不显著,但笼养肉鸭比平养肉鸭细菌感染率低。根据世界卫生组织推荐的纸片法,对分离的细菌进行了14种抗生素（氟苯尼考、恩诺沙星、新霉素等）的耐药试验,选取27株细菌进行药敏试验,结果显示:大肠杆菌对多粘菌素（50%）和卡那霉素（56.25%）较为敏感,对氟苯尼考耐药性最高,可到87.5%;葡萄球菌对多粘菌素、庆大霉素、大观霉素和头孢拉定敏感,对氟苯尼考、新霉素耐药性较高;产气荚膜梭菌对阿莫西林、环丙沙星较敏感,对新霉素耐药性最高,可达100%。该项研究表明,在治疗和预防肉鸭的致病性细菌感染时可以选择性的使用喹诺酮类药物,同时也可以为预防某种细菌性疾病提供理论依据。利用PCR技术对不同类型抗生素的耐药基因进行扩增,结果显示:大肠杆菌携带tet（M）耐药基因阳性率最高,携带qnr S基因阳性率最低;葡萄球菌携带tet（M）耐药基因阳性率最高,携带CTX-M阳性率最低;产气荚膜梭菌携带tet A（P）、aad A和sull基因的阳性率最高;携带CTX-M和cmy基因的阳性率最低。通过对其进行分类,结果表明:大肠杆菌携带四环素类耐药基因阳性率高,喹诺酮类耐药基因检出率最低;葡萄球菌携带四环素类耐药基因阳性率最高,内酰胺类和氨基糖苷类耐药基因检出率最低;产气荚膜梭菌携带磺胺类、氨基糖苷类耐药基因的阳性率最高,喹诺酮类耐药基因的检出率最低。此项研究表明,预防该地区肉鸭细菌性疾病时可选择喹诺酮类药物,并可通过药敏试验制定科学有效的用药方案。