本研究探讨了AFLP分析的影响因素，建立了中国对虾的稳定的AFLP反应体系，获得了丰富的AFLP指纹图谱。利用AFLP分析了人工选育的四代抗病群体的遗传结构。结果表明，中国对虾的遗传变异水平比较低，四代群体的遗传多样性水平第三代较低，第一、二、四代无明显差异。由于人工定向选择，它们的遗传结构已经起了一定的变化，分化系数表明它们之间已经产生了分化。AFLP指纹图谱中的一些位点，其显性基因频率在四代群体中变化明显，推测是由人工选育造成的，可能与抗病性状密切相关。将这些片断回收、克隆、测序，递交到Genbank dbGSS数据库中注册，并进行了BLAST分析。在AFLP指纹图谱中发现了共显性的基因座位，证明了AFLP标记并非完全显性标记；探讨了在应用AFLP进行群体遗传学分析时，各种不同的数据处理方法，如基于Hardy-Weinberg平衡假设的Nei距离和基于统计量的AMOVA分析，以及Shannon多样性信息指数等，对遗传学参数估计的差异，建议在此类分析中首选AMOVA进行数据处理。 利用AFLP分子标记结合拟测交策略，以中国对虾的单对杂交亲本及其F1代为作图群体，应用MAPMAKER EXP/3.0软件，构建了中国对虾雌、雄的中等密度的遗传连锁图谱。在中国对虾的雄性连锁图谱中，包含25个连锁群共74个标记，总图距为951.5cM，最大连锁群的长度为206.2cM，最短的为7.4cM，标记间的最大图距为42.4cM，最小图距为3.7cM，图距标记间的平均距离为12.8cM；雌性连锁图谱中，由66个标记组成的22个连锁群所覆盖的总图距为712.7cM，连锁群的长度介于7.7cM-128.2cM之间，标记间的最大图距为28cM，最小图距为3.7cM，图距标记间的平均距离为10.7cM。估算的中国对虾基因组总长度为2000cM，因此所构建的连锁图谱分别覆盖了基因组长度的47.5％和35.6％。遗传连锁图谱的构建为分子标记辅助育种、比较基因组作图、及基因定位与克隆奠定了基础，并为今后其它海水养殖生物遗传图谱的构建提供了理论和实践意义。本项研究填补了中国对虾分子遗传学与育种学领域的空白。