水权，也称为水资源产权，是西方经济学中的产权理论在水资源领域中应用。水权制度可以很好的解决水资源的稀缺性，提高水资源利用的效率，是实现水资源有效利用的最优方法。近些年来水权研究已成为国内外的研究热点，众多学者提出了很多值得借鉴和深入研究的理论和观点。本文正是在这样的背景下，提出了塔里木河流域初始水权的分配问题，希望借此为塔里木河流域水权制度建设以及水资源管理提供一些参考。本文首先对塔里木河流域初始水权进行了界定，提出塔里木河初始水权分配单元主要是在阿克苏河、和田河和叶尔羌河之间进行。其次，本文选取分配指标时基于全面性、通用性、动态性和易获得性的要求，综合考虑水资源系统、社会系统、经济系统和环境系统，共选取了20个指标。第三，在确定指标权重时，本文选取了相对客观的方法---熵权法来确定。第四，本文在构建初始水权分配模型时，是将水资源分配的问题置于水社会经济环境复合系统中考虑的，该复合系统的发展最优则水资源的分配也是最优的。因此，本文正是基于这种思想，建立了复合系统发展最优函数，该目标函数有三个子函数组成，分别为，经济发展最优函数、生态环境发展最优函数和社会发展最优函数。该函数基于一系列的约束条件下运行，主要包括供水约束、需水约束、流域和谐发展约束以及变量的非负约束。因为该模型是一个多目标的复杂优化模型，计算较为繁琐，常规数学方法难以求解，因此本文为了求得结果的准确性，选取了遗传算法求解，遗传算法是模拟生物界进化遗传等过程的优秀的算法，遗传算法的实现需要经过编码、确定适宜度函数、设定选择算子、变异算子和交叉算子等过程。除此之外，还需要设置一下参数包括群体大小、交叉概率、变异概率和终止代数等。因此，本文根据所建分配模型特点，编码方式选择二进制编码，适应度函数用目标函数代替，选择算子选用比例选择和最优保存策略相结合的方法，交叉算子选用单点交叉的方法，设置参数如下，群体大小为40，交叉概率为0.5，变异概率为0.05，终止代数为100，计算过程在Matlab中实现。最后模型的输出结果为，在50%的保证率下，阿克苏河分配的水权为1.34亿m~3；和田河分配的水权为23.49亿m~3，叶儿羌河分配的水权为60.27亿m~3。最后，为了检验模型的准确性和合理性，选用了“AHP+TOPSIS”分配模型和PAGE－DA综合分配模型作对比，对比发现，本文所建模型结果较为准确合理，可以为塔里木河水权分配提供一些参考。