义务教育财政转移支付制度作为一种特别性决策是解决义务教育不均衡问题的根本保证。但是现行的义务教育财政转移支付制度尚且不是义务教育财政体制的制度性组成部分,其运行的绩效也差强人意。不管是对横向还是纵向的平衡都没有起到应有的作用,与其促进地区间基本公共服务水平的均等化的要求相差甚远。此外,不少专项资金的分配使用缺乏效率,体现在农村义务教育转移支付资金短缺、有不少被挪用、截留、不能充分调动地方政府增加义务教育经费等现象。在中央提出社会主义新农村建设后,中央以及省级财政将进一步加大对农村的转移支付。但是,面对农村巨大的需求,财政资金仍然是有限的,因此,在增加财政转移支付的同时,要提高其运行绩效。本论文以公平效率理论、新制度经济学、教育财政学等相关理论为指导,充分分析了现行农村义务教育财政转移支付制度中的运行绩效即该制度的公平与效率,并针对提高其绩效问题提出了解决办法。