投资者权益被侵占的事件在我国上市公司屡禁不止。在新兴加转轨的市场背景下,无论是投资者权益保护的加强,还是资本市场持续发展的促进,关键都在于财务报告透明度的提高。在两权分离以及两权合一的情况下,财务报告透明度和投资者权益保护是否存在差异;在两种不同情况下,财务报告透明度如何影响投资者权益保护,以及影响结果如何是本文探讨的核心内容。本文分析了财务报告透明度和投资者权益保护的内涵,研究了投资者权益保护的相关理论,阐述了投资者权益被侵害的原因、侵害投资者权益的方式,理论论证了两权分离和两权合一的不同情况下,利益侵害的差异以及财务报告透明度影响投资者权益保护的作用机理。文章首先构建了一个较为全面的财务报告透明度评价指标体系;然后按照公司所有权归属于第一大股东或实际控制人,经营权归属于董事长或总经理的标准,划分了两权分离和两权合一两组样本,选取2011—2015年沪深A股上市公司的相关数据,证实了两组不同样本中,财务报告透明度和投资者权益保护存在差异,并进一步检验了两组样本的财务报告透明度对投资者权益保护的影响;最后针对实证结果,就财务报告透明度的提升和投资者权益保护的加强提出了对应的建议。本文的主要结论如下:(1)在两权分离的公司,财务报告透明度能够很好的约束管理层的利益侵占,缓解管理层与投资者之间的代理问题,保护投资者权益。(2)在两权合一的公司,财务报告透明度对大股东利益侵占的约束有限,难以缓解大股东与中小投资者之间的代理问题,无法充分发挥保护中小投资者权益的作用。(3)现阶段,不管是在两权分离还是在两权合一的公司,财务报告透明度对投资者权益的保护作用主要通过公司治理水平的改善实现,投资者理解以及行政监管与处罚难以发挥保护作用。