蓝氏贾第鞭毛虫（Giardia duodenalis，简称蓝氏贾第虫）是重要的人兽共患寄生原虫，属于介水传播病原。感染人和动物后会宿主出现腹泻、厌食、营养不良和生长迟缓等症状，从而影响人和动物的健康。尽管单位点基因分型具有检测简便的优势，但多位点基因分型(multilocus genotyping，MLG)更能反映病原的遗传多样性。近年来，大多数的研究关注于奶牛在工业化国家中贾第虫的分布情况，且研究方法多是基于单位点基因分型，而对该病原在多个位点的遗传多样性研究，尤其是在断奶前奶牛中的情况鲜有报道。　　在上海的5个奶牛场采集了818份粪样，每个奶牛场分2到5次采样，并在江苏兴化某奶牛场采集了334份样品。采用多位点基因分型的方法，对β贾第素(β-giardin，bg)，谷氨酸脱氢酶（glutamate dehydrogenase，gdh）和磷酸丙糖异构酶(triosephosphate isomerase，tpi)三个基因位点进行巢式PCR(polymerase chain reaction)扩增，结合测序对贾第虫进行了基因型的鉴定和亚型区分，并利用多位点分型数据分析其传播特征。　　在上海地区，贾第虫的阳性率为60.1％(492/818)。发现3个基因型，包括AssemblageE(n=482),AssemblageA(n=5),AssemblageB(n=1)，并发现Assemblage E和A的混合感染(n=4)。其中Assemblage E多样性高，分别在bg，gdh和tpi位点发现12，13和17个亚型，其中分别包括4，6和8个新亚型。优势亚型（bg位点的E3，E2和E8，gdh位点的E3和E1，以及tpi位点的E11和E3）在所有奶牛场的所有采样批次中都有发现，而5个奶牛场间亚型分布的差异很小。基于多位点基因分型技术，共发现了58个Assemblage EMLGs，均为新发现的多位点基因型。其中7个多位点基因型（MLG-E1-MLG-E7）在多个场中均有分布。以上数据表明，贾第虫Assemblage E在本研究的断奶前奶牛中具有高多样性，且在5个奶牛场间存在互相传播的可能。　　在江苏兴化地区，贾第虫的感染率为64.7％(216/334)，仅发现Assemblage E。Assemblage E具有多样性，分别在bg，gdh和tpi位点发现9，8和10个亚型，其中分别包括7个，6个和3个亚型与上海地区一致，每个位点有1-2个新亚型。优势亚型（bg位点的E3，E2和E6，gdh位点的E3和E1，tpi位点的E3和E11）在多个采样组间都有发现，而不同组间亚型分布具有一定的差异性。对所有样品进行多位点基因分型后，共鉴定出61个Assemblage EMLGs，包括11个与上海地区相同的多位点基因型。其中5个多位点基因型（MLG-E1-MLG-E4和MLG-E6）在多个采样组间均有分布。以上数据表明，江苏兴化地区的贾第虫同样具有高多样性。两个地区间有11个相同和97个不同多位点基因型的存在，意味着有些多位点基因型可能在奶牛间相互传播，然而大多数仍具有地区特异性。　　以上结果对于我们了解贾第虫在断奶前奶牛体内的遗传多样性及其传播规律提供依据，并为疾病预防提供策略。