甜叶菊分子标记遗传连销图谱的构建

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甜叶菊属于小型的经济作物,其分子生物学研究刚刚起步。本文开展了甜叶菊分子标记遗传连锁图谱的构建研究,为今后甜叶菊QTL定位、基因定位与克隆、基因组学研究和标记辅助选择育种奠定基础。具体研究结果如下:   由于在构建甜叶菊分子图谱时缺乏足够的分子标记,本研究进行了基于甜叶菊转录组和基因组DNA的分子标记开发工作。实验中利用现有的甜叶菊EST数据库,筛选出其中特异SSR序列并分析其在数据库中的分布特征,进而展开甜叶菊EST-SSR功能性标记的开发与利用研究。在总长为3.75 Mb甜叶菊EST序列内共确认得到5573条非冗余序列,平均每隔13.2 kb即含有一个EST-SSR。实验中共筛选出285个EST-SSR序列,其中二核苷酸重复序列出现的频率最高,占56.5%,四核苷酸重复序列最低,占0.3%。利用含SSR的EST序列,本研究共设计开发了58对EST-SSR引物。在分析前人建立的SRAP标记PCR体系基础上,本试验建立并优化了甜叶菊SRAP-PCR反应体系,其dNTPs浓度为0.2 mmol/L,Tap酶浓度为0.5 U/μl,DNA浓度为1.2μmol/L。参照前人的SRAP研究成果,设计了上下游引物各19条,形成了361对SRAP引物组合。   利用两个不同来源的甜叶菊栽培品种构建了含410个单株的F1分离群体,通过EST-SSR和SRAP标记在亲本及F1分离群体筛选及分析,构建了总长分别为1215.2cM和647.8cM甜叶菊大叶材料和小叶材料两张分子遗传图谱。大叶材料图谱包含13个连锁群,共74个标记,标记间的平均距离为16.4cM。小叶材料共得到12个连锁群,共49个标记,标记间的平均距离为13.2cM。基于图谱信息,估算得到甜叶菊基因组大小2286.5cM。大叶材料与小叶材料图谱基因组覆盖率分别为53.1%和28.3%。
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