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胭脂鱼（Myxocyprinus asiaticus）隶属于鲤形目、亚口鱼科、胭脂鱼属,为国家Ⅱ级重点保护动物,是亚口鱼科分布于我国的单型属物种,分布于长江和闽江水系。近年来,由于过度捕捞、水域污染、水利工程建设等人为因素的影响,其资源量急剧下降。闽江水系已经很难发现胭脂鱼的踪迹。为了增加其在长江流域中的资源量,人工增殖放流是其中一个有效的方法。胭脂鱼人工养殖群体的遗传多样性是检测评估胭脂鱼子代遗传品质的重要指标,也是胭脂鱼资源保护的重要环节。本研究利用线粒体DNA、微卫星以及MHC分子标记对泸州（LZ）、眉山（MS）、万州（WZ）和宜宾（YB）四个胭脂鱼人工养殖群体进行遗传多样性评估,为胭脂鱼的资源保护和科学管理提供依据。主要研究内容和结果如下:1、基于线粒体DNA分子标记的胭脂鱼遗传多样性分析。基于线粒体DNA（D-loop+Cyt b）获得总长度为2994bp核苷酸序列。在164尾胭脂鱼线粒体序列中检测出87个变异位点和83个简约信息位点。同时定义了18个单倍型。单倍型多样性（h）的变化范围为0.486-0.835,核苷酸多样性（π）的变化范围为0.01052-0.01587。在这四个养殖群体中,WZ群体的单倍型多样性（h）最高为0.835,MS群体的最低为0.486。而核苷酸多样性π显示WZ群体最低为0.01052。四个养殖群体的遗传分化指数（Fst）范围为0.03274-0.39849,其中MS和WZ间的Fst最大为0.39849,MS和LZ间的Fst为0.33294,表明MS和WZ、LZ有明显的遗传分化。而LZ和WZ间的Fst为0.03274,说明这两个群体间处于极小的遗传分化水平。单倍型网络图和系统发育树均未显示与地理群体的相关性。H1为主型单倍型,围绕其周围有一些YB、MS、LZ的独有单倍型。同时也能发现有一些未检测到的过渡单倍型。分子方差分析（AMOVA）显示,种群内变异大于群体间变异,群体内变异占77.97%。2、基于微卫星分子标记的胭脂鱼遗传多样性分析。基于454测序方法,开发胭脂鱼具有多态的微卫星位点。对胭脂鱼1/8个“454”测序,原始序列筛选后,从可用于设计引物的6976条序列中,挑选核心区为三、四核苷酸重复位点来进行微卫星引物设计,共获得微卫星引物75对,将其进行多态性位点筛选,最终获得36对具有多态的微卫星位点。随后从36对多态的微卫星位点中选择10对引物,在4个胭脂鱼养殖群体中检测到86个等位基因。其中WZ群体的等位基因总数为72个,而YB群体得到的等位基因数最少,为62个。在私有等位基因数和稀有等位基因数的分布上最多的依然是WZ群体,分别是7和8。而LZ群体的却是最少的,分别为2和3。对4个胭脂鱼群体遗传多样性相关指数的比较发现WZ群体杂合度最大,YB和MS群体的较小。群体间的分化指数Fst和Nei’s遗传距离来看,WZ和MS的遗传分化在这四个群体中最大,LZ和MS遗传分化较大,YB和MS为中等分化;推测WZ和LZ形成一个遗传群体,MS和YB形成另一个遗传群体。3、基于MHC分子标记的胭脂鱼遗传多样性分析。首先,克隆了MHC Ⅱ B类基因,获得c DNA全长序列为1690bp,MHCII B基因开放阅读框为759bp,编码252个氨基酸;在所得的MHCII类B基因核苷酸序列中,分别检测到67个核苷酸变异位点,其中含54个简约信息位点。MHCII类B基因核苷酸变异位点比例约为8.83%,氨基酸相对应的值为15.48%。β1结构域的核苷酸/氨基酸位点变异率分别为20.60%和37.08%,明显高于β2结构域的。用该基因构建系统发育树,发现胭脂鱼的MHCII B基因的8个等位基因聚合在一起,同时与玫瑰高原鳅聚在一起,并与鲤鱼和斑马鱼的关系较近,与孔雀鱼的关系较远。进一步分析该基因在进化中所受到的选择压,发现有22个位点受到正选择。其中在β1结构域的13个抗原结合位点中有7个位点受到正选择,推测这是MHC ⅡB等位基因的高度多态维持的原因之一。其次,在扩增的MHCIIB基因的外显子2处设计引物,两端加序列标签,然后在四个群体（162个个体）构建文库后,用Illumina PE250进行高通量测序,获得50个等位基因。从四个胭脂鱼养殖群体的遗传多样性分析显示单倍型H,单倍型多样性h均为MS最高（45,0.926）,最少的是LZ（41,0.91）,但都达到较高的水平。核苷酸多样性指数π由大到小分别是WZ（0.37722）,MS（0.33598）,YB（0.34358）和LZ（0.31847）。四个胭脂鱼养殖群体种间遗传距离最大的是WZ和MS（0.03389）群体,最小的是WZ和LZ（0.02174）。遗传分化指数Fst值WZ和MS最大（0.45261）,LZ和WZ的Fst是0.04698。分子方差分析（AMOVA）结果显示遗传变异的结果主要来自于群体内个体间。总之,4个胭脂鱼人工养殖群体中WZ的遗传多样性最高。且含有的独有单倍型也较高。这些为养殖胭脂鱼的遗传品质的判定具有重要意义。同时对指导胭脂鱼的科学管理提供理论依据。