模式植物基因组学研究已进入后基因组学时代，即功能基因组学时代。在我国尽管水稻基因组全序列测序已经完成，但总体上非模式植物的研究仍然处于由结构基因组学向功能基因组学过度阶段，在一段时间内我国基因组学的研究仍将停留在起步阶段，如BAC文库的构建及基于BAC的物理作图等方面的研究。油菜是世界上和我国最重要的油料作物之一，由于其基因组较大，致使其基因组学的研究滞后于拟南芥等模式植物的研究。本研究利用甘蓝型油菜.野芥二体异附加系(中国农科院油料所胡琼老师已申请专利)为材料，构建其BAC文库，为开展油菜基因组学的研究奠定一定的技术平台。 构建大片段DNA文库的关键技术包括载体和大片段DNA的制备两个方面。大量转化后，得到了69120个克隆，这些克隆以单菌落的方式保存于180块384孔板中，组成单克隆文库。本文库插入片段平均为110 kb，以甘蓝型油菜单倍体基因组120.Mb计算，该文库共覆盖了6.336倍以上的基因组，筛选到任一基因的可能性大99.82％，另外分别用叶绿体基因psbA及线粒体基因atp6为探针，通过菌落杂交检测，没有细胞器DNA的污染。 基于Southern技术的菌落原位杂交是分子生物学的经典实验方法。以打碎的野芥(新疆野生油菜18号)基因组作为探针，分别在无外源基因组做封阻和500倍中双四号基因组做封阻的条件下，对野芥和中双四号BAC克隆进行杂交，结果显示，在无外源基因组做封阻时，野芥克隆均有阳性信号，这些信号中的一部分在500倍中双四号基因组封阻时消失，说明两种基因组间有一定的同源序列；此外，野芥和中双四号部分克隆都出现的强烈阳性信号，并且这些信号的强度基本不受封阻影响。因此，用野芥基因组作探针时，虽能获得阳性信号，但这些信号是非特异的，无法为后期筛选野芥BAC克隆提供可靠的依据。 核酸的复性动力学研究表明，在真核生物的基因组中存在着大量不同拷贝数的重复序列，其中有些是一个种或一个基因组所特有的。以野芥的种特异性重复序列为探针，对二体异附加系BAC文库进行筛选，就可以得到野芥来源的克隆，为下一步获得有益基因奠定基础。因此，我们构建了包含9600个克隆的野芥质粒文库，平均插入片段600bp左右，为下一步获得野芥的种特异性重复序列提供了条件。