作为跨区域法制协调的重要方式,内部行政协议逐渐为学界所关注。从已有研究成果看,学界主要从治理角度进行探讨。目前,在跨区域移民安置中,已存在涉及内部行政协议的司法实践。本文从司法角度出发,通过观察内部行政协议及其他协议的适用,开展跨区域移民安置的责任研究。跨区域移民安置具有鲜明的特点,即征收实施主体与安置实施主体相互分离。基于这一特点,跨区域移民安置中存在多重的、不同性质的法律关系。不同区域行政主体之间、行政主体与相对人之间以及其他主体之间存在民事或者行政法律关系。在多重的、不同性质的法律关系中,公民在确定被告方面尚存在困难。同时,被告的确定并不等同于所有责任主体的确定。跨区域移民安置责任主体的确定还应当考虑到链条式行政行为与行政不作为。跨区域移民安置中还存在不同性质的责任,包括民事责任与行政责任、违约责任与侵权责任。