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本研究以中国12个省(区)的35份马尾松种质资源为材料,摸索出适合马尾松嫩梢基因组DNA的提取方法;建立并优化了马尾松RAPD和ISSR反应体系;采用RAPD和ISSR标记,结合聚类分析,进行了我国马尾松种质资源的亲缘关系与遗传多样性研究。主要研究结果如下:1、马尾松嫩梢DNA提取方法的建立。针对马尾松嫩梢富含多糖、多酚、蛋白质等物质,采用改良的CTAB法,以新鲜幼嫩的马尾松梢部为材料,在细胞核被裂解之前,加入了用DNA提取洗净液先除糖这一步骤,能有效地消除糖类物质的干扰,这是提取高质量马尾松DNA的关键技术之一。第二是在提取液中加入2%PVP来消除酚类物质的干扰。第三,在提取过程中两次加入2%β-巯基乙醇,β-巯基乙醇是还原剂,有效地抑制了多酚及其它物质的氧化。从马尾松嫩梢中提取了较高纯度和产量的DNA,适宜作为马尾松RAPD和ISSR分析。2、马尾松RAPD和ISSR反应体系的优化。经过反复试验,本研究中建立的马尾松RAPD反应体系为:在扩增反应总体积25μL中,包含25 ng模板DNA,2.5 mmol/L MgCl2,0.8μmol/L引物,0.16 mmol/L dNTP,1.0 U Taq DNA聚合酶,1×Buffer缓冲液。扩增程序为:94℃预变性5 min;94℃变性1 min,37℃退火1 min,72℃延伸2 min,45个循环;72℃延伸7 min,退出。ISSR最佳反应体系为:在扩增反应总体积25μL中,包含50 ng模板DNA,2.5 mmol/L MgCl2,0.5μmol/L引物,0.2 mmol/LdNTPs,1.0 U Taq DNA聚合酶,1×Buffer缓冲液。ISSR扩增程序为:94℃预变性5 min;94℃变性30s,特定温度下退火45s,72℃延伸2 min,35个循环;72℃延伸7 min,退出。3、马尾松RAPD和ISSR标记的多态性程度分析。从200条RAPD随机引物中筛选出18条在样品间具有多态性的引物,对马尾松35份样品进行扩增,共产生153条RAPD标记条带,其中多态性带137条,多态性百分率为89.5%,平均每个引物检测到的条带数为8.5条;从60条ISSR引物中筛选出16条在所有样品中均能产生清晰扩增条带的ISSR引物,扩增共产生153条ISSR标记带,其中多态性带136条,多态性百分率为88.9%,平均每个引物检测到的条带数为9.6条。对两种标记的检测效果表明,ISSR和RAPD标记所得结果呈极显著相关,证明这两种标记技术均可用于马尾松的遗传多样性和亲缘关系研究,但ISSR效果明显优于RAPD。4、马尾松RAPD和ISSR标记的聚类分析。RAPD和ISSR标记的35份供试样品两两之间的遗传相似系数均在0-1之间。RAPD和ISSR标记分析结果的相关系数为0.711,在0.01水平呈极显著正相关。这进一步说明了两种标记聚类结果的一致性,也表明RAPD和ISSR两种遗传标记技术应用于马尾松种质资源遗传多样性研究的可行性。