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基于线粒体基因组数据的系统发育分析已经广泛应用在了许多动物类群上。已知纽形动物约1280个物种，而只有14个线粒体基因组储存在GenBank中。本文新报道了9种无针类纽虫线粒体基因组，并联合数据库中已有的数据重建了纽形动物门的系统发育关系。 新测出的纽形动物线粒体基因组中，七个是异纽，分别是亨氏无沟纽虫（Baseodiscus hemprichii，全长15205bp）、戈怪纽虫（Gogonorhynchus sp.，全长15334 bp）、美丽小尾纽虫（Micrura bella，全长16847 bp）、血色喙纽虫（Ramphogordius sanguineus，全长15322 bp）、环纹背睾纽虫（Notospermusgeniculatus，全长15053 bp）、瀧氏离纵沟纽虫(Paralineopsis cf.taki，全长为15134bp)和椒斑岩田纽虫（Iwatanemertes piperata，全长16382 bp）。异纽类纽虫的线粒体基因组组成一致，编码37个基因（包括13个蛋白质编码基因、两个核糖体RNA基因和22个转运RNA基因）。六个纽虫的线粒体基因组与之前发表的异纽类纽虫有着相同的基因顺序，而戈怪纽虫线粒体基因组的两个亮氨酸转运RNA的位置发生了互换。 古纽的井岛小休氏纽虫（Hubrechtella ijimai）与斑管栖纽虫（Tubulanuspunctutus）的线粒体基因组长度分别为15224bp和15307bp，它们的基因排列顺序与其他纽虫较大差异。井岛小休氏纽虫的线粒体基因组编码了38个基因，比大多数纽虫多了一个赖氨酸转运RNA基因。 现有数据得出的纽形动物线粒体基因组平均长度为15354 bp，针纽类的平均长度最短(14793bp)，古纽类的平均长度最长(15657bp)，异纽类的长度居中(15567bp)。三大类群中异纽类的线粒体基因组AT含量最低(55.68％-66.03％)，其次为针纽类(67.44％-71.17％)，最高为古纽类(63.04％-75.78％)。对纽形动物线粒体基因组的基因排列顺序研究后发现异纽类与其他类群享有更多的基因块。13个蛋白质编码基因均显示出了纯化选择效应（Ka/Ks＜1），cox1基因表现出最强的纯化选择，atp8基因则显示出最弱的纯化选择。大部分tRNA基因都能形成典型的三叶草结构，一些丝氨酸tRNA缺失了DHU臂。古纽类和针纽类的trnS(AGN)基因反密码子是GCT，在异纽类中通常是TCT，但本文新发表的异纽类纽虫亨氏无沟纽虫为GCT。 基于线粒体基因组数据的系统发育分析支持了近期的分子系统学研究结果，异纽类和针纽类都各自为单系群，古纽类为未成单系群，异纽类与井岛小休氏纽虫形成一枝(Pilidiophora)。