种质资源是作物遗传改良的物质基础。花生种质资源的遗传多样性的研究是种质资源收集、鉴定和利用的有效方法，对发掘优良种质资源、拓宽育成品种的遗传基础等具有重要意义。AFLP、SSR等分子标记相继被开发并应用于花生遗传多样性研究中，但由于多态性较低、成本较高等原因，成为制约花生分子标记辅助选择研究的瓶颈，因此开发多态性高的分子标记用于遗传多样性的研究意义重大。InDel标记作为一种新型共显性标记，具有重复性好、特异性高及检测方法简捷的特点，在近些年来得到了快速的发展。InDel遍布于整个基因组，其中一些位于决定基因功能的关键性区域。InDel标记已应用于多种作物的品种鉴定、多样性分析、高密度遗传图谱构建及目标性状精细定位等方面的研究。基于InDel标记的高多态性、检测方便的特征，本文利用InDel标记对54份地方花生种质资源的遗传多样性进行了研究分析，首先明确InDel标记在花生遗传多样性研究中有效性与可靠性，其次找到与InDel标记相关的表型性状或基因并加以探讨。主要研究结果如下:　　1.54份地方花生品种资源和104份美国微核心种质资源的农艺性状考察结果显示，微核心种质包含我国未报道的植物学类型秘鲁型资源，植株高大，单株结果数较多，单株产量较高;我国地方品种植株多为直立型，美国微核心种质多为匍匐型;两者主茎高及侧枝长变化范围接近;微核心在单株果数与粒数上都占有较大优势，但单株果重与单株粒重与我国地方品种较相近;我国地方品种各类型资源的百仁重和出仁率均高于微核心资源;美国微核心种质对褐斑病、网斑病的抗性均较高于我国地方品种，其中多粒型和秘鲁型在抗褐斑病上表现优异，而普通型在抗网斑病上抗性更高。这些结果为花生种质资源的育种应用提供了依据。　　2.利用48对InDel标记对54份地方花生种质资源进行分子标记扫描，其中24对具有多态性，共扩增出126条清晰可见的条带，其中51条为多态性条带，多态性位点百分率为40.48％;各多态性引物的多态性比率主要集中于30％～60％，平均为39.17％。这些差异条带可以揭示材料之间的遗传差异，表明InDel标记的多态性较高。　　3.24对InDel引物在54份资源品种间的PIC的变幅为0.0364(InDel-028)～0.9030(InDel-001)，Shannons(Ⅰ)变幅为0.0922(InDel-028)～2.447（InDel-001），其中InDel-001，InDel-019，InDel-038，InDel-013，InDel-040和InDel-010最有效，其H指数均在1.4以上，等位变异数6个以上，有效变异数4.3个以上，表明有效等位变异数和H值均能真实地反映其遗传多样性。　　4.NJ系统发育树、主坐标分析图及STRUCTURE三种方法的结果显示，花生地方种质资源可明显区分为疏枝亚种和密枝亚种两大类，其中疏枝亚种包括多粒型和珍珠豆型，密枝亚种包括龙生型和普通型，且三者结果基本保持一致并且与预期相符。　　5.11个标记与5个农艺性状相关联，决定系数R2的范围为5.3％～33.2％。性状分别为荚果长、荚果宽、荚果厚、百仁重和果壳厚度，而与性状相关的标记为001-InDel、008-InDel、009-InDel、013-InDel等11对标记。其中6个标记与荚果宽和百仁重相关，3个与荚果长相关，2个与荚果厚有关，1个与果壳厚度相关。这些结果为花生农艺性状的分子标记辅助选择奠定了基础。