本研究以自我国内蒙古、山西、陕西和宁夏等地采集的柠条锦鸡儿17份、中间锦鸡儿12份和小叶锦鸡儿5份为供试材料，应用形态多样性分析和ISSR(简单重复序列间隔区)分子标记研究探讨了柠条锦鸡儿、中间锦鸡儿和小叶锦鸡儿三个物种的遗传多样性和亲缘关系。初步研究结果如下：1.经度和海拔等地理生态因子对表型性状有显著的影响；三个物种的表型差异是遗传因素和自然选择的共同作用的结果。2.三个物种的形态多样性比较丰富；荚果长、荚果宽、种子长、种子宽和千粒重等这些性状是造成这三个物种的表型差异的主要因素。3.建立了锦鸡儿属ISSR分析的技术体系：10μL的反应体系中，含10ngDNA、2.0mmol/LMgCl2、150μmol/LdNTP、200nmol/L引物和0.5UTaq酶。反应程序为：94℃预变性5min；94℃变性45s，52℃退火45s，72℃延伸90s，40个循环；72℃充分延伸7min；4℃24h。4.在供试材料中筛选到具有多态性的ISSR引物19个，共扩增出多态性带154条，多态性条带比率为87.0％；三个物种分子水平的遗传多样性比较丰富。5.根据形态多样性分析和ISSR分子标记的结果，柠条锦鸡儿、中间锦鸡儿和小叶锦鸡儿种间差异不大，亲缘关系较近，难以被明确区分开；但是，又不能充分证明3个物种在分类学上是1个种。因此，关于3个物种在分类学上的地位，还有待于继续深入研究。