城市浅水湖泊在城市生态环境系统中发挥着重要作用，富营养化是当前湖泊普遍存在的问题。通过建立合理的数学模型是开展湖泊水环境系统综合研究的重要手段之一，在总结前人研究成果的基础上，首先概述了浅水湖泊水动力学模型及水质生态模型的研究现状，并对相应的数值计算方法加以总结。 采用较成熟WASP5.0中有关水体和底泥中氮、磷、溶氧、浮游植物动力循环理论，改编源程序，在水质方程中引入富营养影响的水质方程源项。在常用的三维对流—扩散方程基础上，沿垂向积分后，建立二维水质、水量耦合模型。在有限体积法框架下应用通量向量分裂格式计算各跨单元边界的数值通量，进而求得方程的数值解。 利用玄武湖的调水实测资料，对构建的模型进行率定和验证，确定了模型的可靠性。将模型应用于南京玄武湖调水方案设计中，为城市湖泊水环境污染控制及管理提供了科学依据。根据调水目标设计不同的调水方案，对模拟结果分析，给出玄武湖调水的相对最优方案。最后对推荐的最优方案，进一步讨论了考虑风场条件和沉积污染后对水质模拟结果的影响。