白羊草（Bothriochloa ischaemum）系禾本科孔颖草属多年生草本植物,起源于欧洲南部和亚洲,在世界各个暖温带地区均分布广泛。本研究将以‘太行白羊草’为研究对象,利用高通量测序技术进行测序,运用生物信息手段注释所有的叶绿体基因组序列并进行比较基因组学分析,还基于已有高粱族的44个叶绿体基因组序列构建系统进化树,为禾本科植物的保护、育种、开发DNA条形码、起源进化和物种多样性研究奠定基础。本研究的主要内容及结果如下:1.本研究通过高通量测序技术测得白羊草叶绿体全基因组序列长度为138 316 bp,为典型的四段式结构（LSC、SSC、IRa和IRb）,LSC、SSC和IR的长度分别为80 226 bp、12 526 bp和22 782 bp。共编码134个基因,包括87个蛋白编码基因、39个t RNA和8个r RNA,共有19个基因含有内含子,其中18个基因含有一个内含子,只有ycf3基因含有两个内含子。2.通过对白羊草密码子偏好性进行分析,共检测出17 141个密码子,使用最多的氨基酸是亮氨酸,密码子偏好使用A、T碱基。通过中性绘图分析和ENC-plot绘图分析得出密码子偏好性受突变和选择共同影响。3.利用MISA软件,对白羊草叶绿体SSR位点进行分析,共鉴定出37个SSR位点,其中LSC共有35个SSR,SSC比较稀少,只有两个SSR,而IR区没有分布SSR,大多数位点都偏向由A或T组成。并且开发出了30对引物。此外,发现有8个SSR位点在白羊草与其他两种孔颖草属植物中的位置和重复数是完全一致。4.通过对白羊草与其他物种进行序列保守性分析,发现属间序列整体的遗传分化程度较低,编码区序列比非编码区保守,反向重复区比单拷贝区保守。5.基于叶绿体基因组全序列和蛋白编码区,分别构建出高度相似并且支持率相近的拓扑结构MP、ML和NJ树,所有进化树均显示白羊草与细柄草属中的Capillipedium venustum和双花草属中的双花草（Dichanthium annulatum）亲缘关系最近,且具有较高的支持率。