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本文运用rDNA ITS区序列对花椒及其混淆品、花椒的野生居群、泽泻的野生居群进行了鉴别,并对它们的亲缘关系进行了探讨。花椒ITS区序列总长度为619-620bp,长度变异较少,与其混淆种长度仅相差4bp。花椒各居群中,rDNA ITS区碱基序列有15个变异位点、12个信息位点、3个特异性识别位点。与其混淆品间的碱基差异则较为显著,多达71个变异位点。依据花椒ITS区的序列特征可以准确鉴别各居群的花椒及其混淆品;亲缘关系密切的花椒居群在地理位置上也非常靠近。泽泻rDNA ITS区的碱基序列总长度确定为640bp,江泽泻和建泽泻的ITS区碱基序列完全一致,川泽泻与建泽泻(江泽泻)在rDNA ITS区碱基序列有2个稳定的变异位点,分别位于ITS1和ITS2区段。依据泽泻rDNA ITS区的序列特征可以进一步鉴别川泽泻和建泽泻,为泽泻居群的鉴别提供可靠的分子标记。 运用trnL-F区序列对花椒及其伪品进行了鉴别。花椒cpDNA trnL-F间隔区序列为370bp、AT百分比为62.2%。尽管花椒的果实在外部形态,物理特性上与伪品差异较小,但在cpDNA trnL-F间隔区序列上却存在着一定的差异。该序列在属以下的分类阶元中同源性极高,可达100%。根据cpDNA trnL-F间隔区碱基序列的差异,能有效地鉴别花椒属以上分类阶元的伪品。 针对铁皮石斛ISSR反应的特点,建立了适用于铁皮石斛ISSR-PCR分析的反应体系和条件。利用锚定PCR法,从76个ISSR引物中筛选出10个多态性丰富的引物进行ISSR扩增。共获得127个DNA片段,其中多态性片段115个,占总带数的90.3%,选择其中的5个引物扩增出的9个多态性DNA片段作为鉴定标记,能够准确区分供试的8个铁皮石斛居群,由此建立了铁皮石斛8个野生居群的ISSR分子指纹标记。