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肠道微生物区系在哺乳动物的健康和疾病中起着十分重要的作用，然而对这个复杂的微生物生态系统及其微生物多样性至今仍然缺乏了解。其关键性生理功能包括保护粘膜上皮损伤，调节脂肪的储存，刺激肠道血管生成和竞争拮抗致病菌的定植。大部分肠道致病菌在肠道内的定植是其致病的第一步，且这种定植必须与肠道复杂的微生物区系进行相互竞争，但是致病菌定植是否会引起肠道微生物区系结构的变化目前仍然不清楚。
由于培养方法在肠道微生物分离培养上的局限性，大量研究者开始转向运用分子指纹图谱技术分析肠道微生物区系。基于16SrRNA基因的变性梯度凝胶电泳(denaturinggradientgelelectrophoresis，DGGE)技术具有直观、快速和高通量的优点，适合于分析复杂的微生物菌群。尽管该方法在对特异的细菌成员的系统发生鉴定上是很困难的，但是DGGE技术能够快速提供复杂微生物区系的丰富度和均匀度信息。
本研究应用DGGE技术分析了白色念珠菌(Candidaalbicans)在小鼠盲肠中定植后对肠道微生物区系结构变化的影响。雌性SPF级BALB/c小鼠通过口服头孢曲松水溶液5d，随后单次口服灌胃C.albicansSC5314，这种处理导致了小鼠肠道细菌微生物区系变化，以及C.albicans在肠道内低水平的定植至少1wk。使用16SrDNA的V3区和V6～V8区的通用引物对细菌微生物区系的DGGE分析表明，相对于正常小鼠和抗生素处理小鼠，C.albicansSC5314定植小鼠盲肠后，导致盲肠总体微生物多样性的显著降低(P＜0.05)。这种细菌多样性降低很大程度上是由于抑制部分微生物区系再定植而导致的。使用16SrDNA的属或者组特异性引物(肠球菌属、乳杆菌组和双歧杆菌属)的DGGE分析表明，C.albicansSC5314定植小鼠盲肠后，相对于正常小鼠和抗生素处理小鼠，肠球菌属菌群多样性显著降低(P＜0.05)；相对于正常小鼠，乳杆菌组菌群多样性显著降低(P＜0.05)，而相对于抗生素处理小鼠未发生明显变化(P＞0.05)；相对于抗生素处理小鼠，双歧杆菌的定植被完全抑制。
总之，我们应用基于16SrDNA的DGGE技术较全面地分析了C.albicans定植后对小鼠肠道微生物区系菌群结构的影响。发现C.albicans定植小鼠盲肠后导致了小鼠盲肠微生物区系可重复的和显著性的降低。应用这种不依赖于培养的分子生物学方法来分析肠道微生物区系菌群结构的变化，有利于我们对相关微生物生态原理的理解，从而控制致病菌的侵入以及发展新的预防和治疗肠道致病菌引起的疾病。