植物物种的鉴定在生物多样性的调查和保护过程中居于核心地位,但传统的植物形态学物种鉴定方法存在着很多不足之处。由于现代分子生物学技术的迅速发展,物种的分子鉴定已经成为物种鉴定的另一常规方法,其中DNA条形码技术尤其引人注目。DNA条形码技术旨在利用一段符合标准的DNA片段或者几段这样的片段组合来达到快速准确鉴定物种的目的。然而,植物中该使用怎样的DNA条形码这个问题目前仍然在研究探索中。松属是现存最大的针叶树属,利用DNA条形码的思路鉴定松属植物是个很具有挑战性的课题,尤其是面对五针松组这种群体十分大的种。在本研究中,我们采集了中国境内的7种五针松组物种,共计449个个体,使用4个叶绿体片段(trnL-F, trnS-M, trnS-G和rp116)、2个线粒体片段(nad5intron1和nad7intron1)以及它们的组合来鉴别这几个物种,并且验证质体(叶绿体)片段是否比线粒体片段鉴别近缘种的能力更强。通过研究发现,五针松组可以分成南北两大支；本研究中用到的片段或片段组合可以很好的鉴别出北方支的4个物种,但南方支3个物种却得不到很好的鉴定。这一现象反映出南方支3个种的物种形成过程仍然在进行当中。我们的研究结果也表明南方分支的海南五针松可做为华山松的一个变种处理比较合适。叶绿体片段和线粒体片段进行组合可以提高物种的鉴定率。还有,虽然通常认为叶绿体基因组片段或组合较线粒体的基因组片段或组合区分不同物种的能力更强一些。但是,本文的研究结果并不支持这一结论。