DNA编码序列检测的优化算法设计

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DNA编码序列的检测是随着海量生物基因信息的出现而出现的,利用数字信号处理快速高效的优点,根据DNA编码序列的特征设计专门的检测方法,目前已经得到了长足的发展。针对传统编码序列检测算法中大多存在的单纯依赖周期3特性、补零延拓对幅频响应能量零贡献、校正不精确等不足,本文提出了结合碱基含量的双端周期延拓周期3编码序列检测算法,增强了检测曲线的指示性,进一步提高了检测算法的准确性和健壮性。结合DNA编码区规则,本文对检测结果进行了进一步甄别和优化,对数据集HMR195进行测试表明:在核苷酸水平检测结果的ROC指标率达到86.87%,明显高于当前的处理效果。实验结果证实该组合算法进一步校正了位置偏移,结合CG含量和编码区规则等先验信息的方法在不增加时间复杂度的同时,优于现存AMDF、TDP等最优时、频域检测方法。最后,基于本文提取的编码序列特征,设计了支持向量机(SVM)分类器。对数据集HMR195中的DNA序列进行了核苷酸级别的检测,达到了较好的分类效果。
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