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生物多样性的丧失是21世纪全人类共同面对的全球性环境危机,对地球的生态系统服务和生态健康都产生了重大影响。加强对生态系统生物多样性变化的监测与评估有重要的意义和价值。淡水生态系统作为全球生态系统的重要组成部分,由于近年来闸坝的修建,环境的污染,水土流失等破坏,越来越影响到人类的生存发展。鱼类作为淡水生态系统中食物链顶层的物种,不仅影响水生态系统的结构和功能,也能反映水生态系统的健康状态,对水生态系统受到自然环境因素影响和人类干扰有较好的综合指示意义。传统的鱼类多样性监测方法例如电鱼法等极大破坏了自然生境。传统的物种鉴定需要仔细的肉眼观察、形态比对、经验判断等。传统方式对研究人员的专业设备和经验技能要求很高,然而效率却不乐观。传统生物多样性监测的这些局限性产生了对鱼类多样性监测替代方法的需求。随着二代测序技术的发展,环境DNA宏条形码技术给鱼类的生物监测提供了新方法。环境DNA宏条形码技术的助力下,传统生物多样性监测的情况有望得到显著的改善。但是在技术的发展推进中,各个国家和地区研究方法各不相同。本研究旨在建立一套适合太湖流域本土鱼类的环境DNA宏条形码监测方法。本研究的主要目标是:1)建立太湖流域本土鱼类条形码数据库:针对太湖流域鱼类的分子遗传进化特征,筛选物种建库的DNA条形码区域;利用流域各水生生物类群样本,在形态学物种鉴定基础上,进行物种DNA条形码的扩增与测序,建立规范化物种条形码数据库条目格式,建立太湖流域本土物种条形码数据库。2)筛选适用于太湖本土鱼类的宏条形码监测引物:由于目前缺乏统一的技术标准,使得DNA宏条形码技术研究的可靠性饱受争议,选择合适的PCR扩增引物是DNA宏条形码生物多样性研究的关键。3)环境DNA宏条形码监测太湖鱼类多样性:利用环境DNA宏条形码监测太湖鱼类多样性和传统的传统的水生生物监测对比,验证环境DNA宏条形码快速监测方法的可行性。本研究实现快速、便捷和高通量生物监测,并逐步标准化、规范化,推动水生生物监测的业务化,使其在水生态环境管理中的作用得以充分发挥和体现,为管理决策提供支撑。本研究的主要结果与结论是:1)建立太湖流域鱼类基因条形码数据库。采集的鱼类样本的经形态学鉴定后,逐一进行DNA提取和Sanger测序,得到太湖35种鱼类的215条特征条形码序列。2)根据太湖鱼类的特征条形码序列设计10对宏条形码引物,主要覆盖了鱼类线粒体12S r RNA和16S r RNA基因。通过计算机模拟和实验评估,发现线粒体12S r RNA区域的meta F1引物可以有效地的扩增出90%以上的鱼类,产物长度为196bp,最适用于太湖鱼类的基因扩增。3)探索了太湖鱼类环境DNA宏条形码快速监测技术步骤,确定了快速监测包括前处理和采样方法:1L表层水收集,孔径0.45微米的滤膜进行过滤富集等操作。4)利用了环境DNA宏条形码进行太湖鱼类生物多样性监测并且与传统的捕鱼方法进行鱼类群落的比对,研究发现环境DNA宏条形码技术在23个采样位点的监测57种鱼类,环境DNA宏条形码快速监测技术可以有效的表示太湖的鱼类多样性。最后,本研究的目的是建立一个标准化的鱼类环境DNA宏条形码调查方案,以监测复杂和大空间尺度的太湖鱼类群落。本研究结果将有助于未来鱼类环境DNA宏条形码监测的调查设计,并有助于发展快速、无创的淡水鱼物种调查方法。形成一套完整、科学、合理、可行的监测技术体系,为环境管理部门提供技术参考。