财政科技资金是国家通过财政预算和相关科技税收政策等方式直接和间接用于科学技术活动的经费,主要用于支持市场机制不能有效配置资源的基础研究、前沿技术研究、社会公益研究等公共科技活动。科技投入也被众多国家视为最重要的战略投资。科技经费投入和使用的效率与效果,对实现国家发展战略目标具有至关重要的作用。近几年来,我国中央财政用于科技的投入逐年攀升。财政科技资金的绩效和对经济社会发展的影响也逐渐成为人们关心的话题。政府绩效审计是由审计机关对政府公共管理活动进行评价,检查其是否符合经济性、效率性和效果性原则,以促进政府改善公共管理,提高管理绩效的审计活动。财政科技资金的绩效审计始于十多年前。从发展历程来看,尽管已经取得了一定的成果,但是,审计模式仍基本以传统的财务收支审计为主；近几年的审计实践视野有所拓宽,但单独绩效成分较低；被审计对象的涉及面比较有限；参与审计的主体较少。科学技术在国民经济发展中的重要地位、财政科技投入在中央财政支出中的高比例增长以及财政科技资金绩效审计的现状等等,这一切都在客观上要求政府审计部门必须加强对财政科技资金分配、管理和使用的真实性、合法性和效益性等的审计,进一步研究当前经济社会形势下财政科技资金绩效审计的运作模式,在监督资金运行的同时,为国家宏观决策和制定更为科学合理的科技发展战略规划提供服务。本论文在对绩效审计的理论、方法进行比较研究的过程中,采用比较研究、文献研究、案例分析、座谈讨论等研究方法,对相关绩效审计案例进行实例分析。调查对象和范围涉及政府财政、科技主管部门以及有关项目主管机构、企事业项目承担单位。本文在总结政府绩效审计的发展历程、现状和特点的基础上,结合财政科技资金绩效审计的基本经验和现有不足以及绩效审计的基本理论,构建了符合我国国情的财政科技资金绩效审计的“C+4E”评价模式,即：合规性(Compl iance)、公平性(Equity)、经济性(Economy)、效率性(Efficiency)和效果性(Effectiveness),并以此模式来构建财政科技资金的绩效审计研究体系。在研究体系框架下,论文分资金主管部门和资金使用单位两个层面对如何开展财政科技资金绩效审计进行研究。对于资金主管部门这一层面,分部门预算资金绩效的审计和部门组织项目的绩效审计两个角度分析研究。对于资金使用单位这一层面,分营利性和非营利性两类财政科技资金使用单位来分别探讨,而每一类财政资金使用单位又分别从整体绩效审计和对投入单位的资金管理的绩效两个方面来研究。接着,结合具体案例,论文对财政科技资金绩效审计实务进行了剖析与总结。论文针对当前绩效审计环境的两个变化,对绩效审计实务进行了反思,并基于环境变化和实务反思提出了财政科技资金绩效审计的发展思路：一是适应中国政府会计改革；二是正面开展主管部门绩效审计；三是全面衡量承担单位绩效；四是合理运用数据实证分析；五是注重体现国家经济安全。