由于企业契约的不完备性，因而产生了企业剩余控制权和剩余索取权。国内外研究表明：合理配置管理层剩余控制权与剩余索取权能够形成有效的激励机制，是降低代理成本的一种手段，也是解决现代企业由于所有权与经营权分离所导致的代理问题的关键；而内部控制审计可以促进企业建立完善有效的内部控制，形成补充契约，减少管理层的机会主义行为，缓解企业代理冲突问题。可以说，剩余控制权与剩余索取权的安排和内部控制审计是现代企业两个非常重要的公司治理机制。因此，研究管理层享有的剩余控制权和剩余索取权与内部控制审计的关系，对改善我国上市公司剩余控制权和剩余索取权的配置机制，发挥内部控制审计的公司治理作用具有重要意义。本文首先进行了理论分析：从委托代理理论、信号传递理论以及信息不对称理论出发，对管理层剩余控制权和剩余索取权与企业内部控制审计的关联性进行分析。认为基于自利原则，在企业剩余控制权与剩余索取权的不同配置下，管理层在是否执行内部控制审计这个问题上存在不同的选择倾向。其次，以我国证券市场2009-2011年数据为样本，对管理层剩余控制权、剩余索取权与内部控制审计的关系进行了实证检验。主要的实证结论包括：（1）上市公司管理层享有的剩余控制权越多，越没有动力执行内部控制审计；（2）上市公司管理层分享的剩余索取权比例越高，越有动力执行内部控制审计；（3）上市公司管理层享有的剩余控制权与剩余索取权对称性越好，越有动力执行内部控制审计。最后，在上述研究发现的基础上，提出了相关政策建议。