随着市场对医药产品需求量的快速增加,医药市场对于医药流通企业提出了更高的要求,其中医药企业的供应链管理能力尤为重要,而医药配送在供应链管理过程中作为关键环节,扮演着承上启下的关键作用。但是,目前医药物流存在着市场对配送效率及配送质量的更高要求与配送作业水平相对滞后之间的矛盾。所以,医药流通企业对于仓储业务流程的优化研究,成为了医药流通企业应当首要解决的问题之一。在业务流程优化研究不断丰富的背景下,促使仓储作业流程方面的研究也在快速增长,与此同时,仓储作业流程进行建模分析的方法也在不断完善。相较于业务流程再造（BPR）、架构建模工具（ARIS）等静态建模分析方法,Petri网分析法是一种动态的建模方法,Petri网不仅能够用直观的图形表示业务流程模型,还可以根据关联矩阵与不变量的数学方法来验证业务流程模型的正确性。另外,应用计算机仿真软件PIPE,可以将所构建的Petri网模型进行仿真运行,通过仿真不仅可以直观的观察运行结果,还可以分析所构建Petri网模型的特性。论文选取了Y药品配送中心的仓储流程作为研究对象,分析了其基本情况和组织结构,总结了Y药品配送中心的出入库作业流程图,并通过实地调研,分析出Y药品配送中心在出入库作业流程方面存在的问题。其次,运用Petri网模型对该配送中心的出入库作业流程进行建模,并基于出入库作业Petri网模型的关联矩阵,分析出关联矩阵中的同步点及冲突点,从而找出出入库作业流程中可以优化的节点,并且针对这些节点,利用ECRS（消除、合并、重排、简化）方法优化其出入库作业流程。最后,根据优化措施对出入库作业流程进行改进,得到优化后的出入库作业流程图及对应的Petri网模型。最后,对优化前后的Petri模型引入变迁时间,通过Tina仿真软件对Y药品配送中心优化前后的出入库作业Petri网模型进行仿真,对比仿真结果表明,优化后入库效率提升了18.50%,出库效率提升15.02%,进一步证明了Petri网分析法的可行性以及优化措施的正确性。