机构编制评估作为政府绩效评估的重要组成部分，是政府部门职能配置和绩效管理的新举措。通过机构编制评估，能够规范部门履职行为，提高行政效能;准确把握政府部门职能运行情况，对部门机构编制实行动态调整，建立一套政府履职行权的激励和约束机制。对实现根据社会现实需求科学合理配置机构编制资源，建立适应经济社会发展需求的地方政府职能体系，为我国现代化进程提供强有力的体制机制支撑具有重要意义，是机构编制管理科学的前沿课题。自2008年中央编办选取江苏、重庆、厦门和青岛四家省、市编办开展机构编制评估试点工作以来，全国各地在机构编制评估方面普遍进行探索。山东省在2013年初印发了《山东省政府部门机构编制评估办法》，将机构编制评估工作纳入了制度化的轨道。目前，全国范围内仍在不断探索之中，还未形成比较成熟的评估体系。　　本文从机构编制评估的基本理念出发，介绍了机构编制评估的相关理论，对机构编制评估机制进行具体阐述。以菏泽市政府部门机构编制评估实践为切入点，综合运用文献法、实地调研法、实例法等研究方法，深入剖析政府部门机构编制评估过程中存在的问题及原因。并从引入多元化的评估主体、完善机构编制评估制度、制定相关法律法规、加强评估结果利用、加大机构编制管理理论研究力度和构建科学合理的机构编制评估指标体系等6个方面提出完善地方政府机构编制评估的对策建议。以期进一步丰富和发展机构编制评估研究相关理论，为更好地发挥机构编制评估作用，实现推动政府职能转变、优化行政结构、提高行政效能有所贡献。