微型真核生物分布广泛,其生长快、周转率高,是海洋生态系统的重要组成部分。在海洋浮游生态系统中,微型真核生物不仅是初级生产者,也同样是消费者和分解者,参与调节海洋生态系统平衡,是一系列食物网过程和生物地球化学循环的中心,具有重要的生态学作用。相比于原核生物,微型真核生物的分子多样性研究相对较少。近年来高通量测序技术的发展,为深入研究微型真核生物的群落组成、动态变化及其与环境间的相互关系研究提供了契机。此外,目前对于微型真核浮游生物分子多样性的研究大多集中在开放海域,对环境变化剧烈、直接收到人类活动影响的海湾及河口区域的微型真核生物的群落变化特征仍存在大量研究空白。本研究利用高通量测序,在DNA及RNA水平上,对厦门湾及珠江口区域微型真核浮游生物分子多样性进行研究,探讨不同环境中的群落组成、时空分布变化以及对环境因子的响应。主要结果如下:(1)厦门湾“活跃的”(基于RNA测序)的pico级真核浮游生物:1)α和B多样性在不同月份间有显著差异,存在明显的季节性变化;2)群落组成以Alveolata、Archaeplastida和Stramenopiles为主,并且在季节和地理位置上均表现出明显差异;3)18S V4和V9区在测序过程中呈现出不同的偏好性,二者互为补充可更好的揭示群落的多样性;4)丰富种的相对丰度在同一研究海区的不同环境中存在差异,该差异在不同类群中的表现程度不同;5)温度是影响厦门湾pico级微型真核浮游生物群落最主要的影响因子,并同样受到营养盐及生物因子的影响。(2)珠江口海区“总的”(基于DNA测序)及“活跃的”(基于RNA测序)的pico级和nano级真核浮游生物:1)以Alveolata和Stramenopiles为主,其中pico 粒级中以 Ciliophora 和 Syndiniales 为主,nano 粒级中以 Dinophyceae 和Bacillariophyta为主,其相对丰度自近岸向河口外呈现增加趋势;2)以RNA与DNA比值作为活性表征,在nano粒径中,自河口内至河口外,主要类群的活性大都随盐度的增加的而增强,但升高的程度在生物类群的不同而有所差异,pico粒径中的活性变化差异较大;3)基于RNA测序的“活跃的”微型真核生物类群对环境的响应高于基于DNA测序,并且不同粒径的侧重不同,总体与水深无显著相关;4)同样粒径内,相同的水团表现出相似的群落结构,水团对珠江口海区的微型真核浮游生物群落多样性的影响在一定程度上可能高于其他环境因子。