新一轮医疗卫生体制改革已经进入攻坚阶段，对公立医院进行改革，作为新医改的难点和关键点，举步维艰。一直以来，公立医院沿用的是计划经济时代的管理模式，大锅饭现象普遍存在，医院外部缺乏市场竞争机制，内部缺乏绩效考核机制，造成运行成本居高不下，管理松散，员工工作积极性不高，效益不佳，因而政府投入也得不到有效利用，严重制约了公立医院在保障人民健康方面作用的发挥。目前国家正在推进的医疗体制改革中，公立医院正面临着外部环境和内部机制的重大变革。本文着重从内部管理机制入手，研究公立医院改革进程中有关绩效管理的内容。　　众所周知，公立医院是政府为了满足公共利益而设置的医疗服务机构，为了弥补市场失灵，政府必须加以投入来彰显公立医院的公益性。而公共财政资源的有限决定了政府的投入必须实现产出的高效率，即以有限的投入产出最佳的效益，因而对于公立医院的绩效管理研究具有十分重要的现实意义。国内外学者对公立医院的绩效研究已经很多，但对于传染病医院这样一类特殊的公立医院，研究其绩效还不多见，本文试图从传染病医院这类特殊公立医院情况出发，研究其绩效管理，从而对公立医院绩效领域的研究作一补充。　　作为特殊的一类公立医院，传染病医院提供的是公共卫生救治服务，在应对各类突发公共卫生应急事件中不可或缺，传染病的医疗救治运行成本高昂，但具有明显的正外部性，属于纯公共产品，必须由政府主导投入确保运行。在新医改中也已经明确了政府的投入责任，接下来的工作就是要改进传染病医院的内部管理，尤其是绩效管理，使政府对于传染病医院的投入发挥最佳效益。　　新公共管理学倡导在公共部门引入私部门的先进管理方法，大量实例证明，国内外公共部门引入私部门的成功管理方法和经验已经取得了令人满意的成效。在企业管理领域中，平衡计分卡是重要的绩效管理工具，自推出以来受到各界的广泛重视，本文基于平衡计分卡理论对传染病医院这一公共服务领域的绩效管理作研究探讨，结合实际操作提出平衡计分卡理论在传染病医院实施的策略和建议，从而丰富平衡计分卡应用理论，为传染病医院这类特殊公立医院的绩效管理积累经验。　　本文采用文献研究法和专家咨询法建立S医院平衡计分卡绩效管理指标体系，对实施后的效果进行观察和分析，发现基于平衡计分卡的绩效管理使S医院的整体战略布局得以进一步改进，与医院战略目标密切相关的关键绩效指标得到充分整合, S医院的考核体系因而也更加科学合理。同时发现基于平衡计分卡的绩效管理也不可避免地存在着一些问题，譬如设置的管理指标体系主观性过强，对于考评的公正性让人质疑；信息系统条件的限制和员工积极性不高，使得获取的管理指标存在一定的局限性；对指标还需进行持续调整和跟进等。本文通过借鉴国外公立医院在绩效管理方面的成功经验，提出在我国传染病医院绩效管理中引入新公共管理理论的应用，并在实施基于平衡计分卡的绩效管理体系中明确传染病医院的战略目标，有效贯彻“公益性”，通过建立畅通的内部沟通机制和完善信息系统建设使医院的发展更具活力，使医院的内部管理避免粗放而走向精细。