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翘嘴红鲌（Erythroculter ilishaeformis）和青梢红鲌（Erythroculter dabryi）均属鲌亚科红鲌属鱼类，在我国广泛分布。因其肉质鲜美、营养丰富，被视为我国上等经济鱼类。充分认识翘嘴红鲌、青梢红鲌的遗传多样性水平，对其种质资源的评价、保护与持续利用具有重要意义。本实验采用ISSR分子标记技术对信阳南湾水库翘嘴红鲌、青梢红鲌两群体的遗传多样性进行研究，结果如下：（1）利用正交试验设计方法，对翘嘴红鲌、青梢红鲌的ISSR-PCR反应体系中的DNA模板、Mg2+、引物、dNTPs及Taq DNA聚合酶浓度进行正交优化。建立的25ul最优反应体系为：DNA量90ng、Mg2+1.60mmol/L、引物0.5μmol/L、dNTPs0.4mmol/L、Taq DNA聚合酶1.25U。利用此体系，对反应中的循环次数和退火温度分别进行优化试验，确定反应程序为：94℃预变性5min；94℃变性40s，4758℃复性40s，72℃延伸1.5min，循环次数38；72℃延伸10min。（2）从77个ISSR引物中筛选出15个，对南湾水库翘嘴红鲌、青梢红鲌两群体（共60尾）的基因组DNA进行PCR扩增，其中对翘嘴红鲌共检测出108个位点，多态位点45个，对青梢红鲌共检测出112个位点，多态位点44个。利用POPGENE软件分析翘嘴红鲌、青梢红鲌2个群体的多态位点比例（PPB）分别为41.67%和39.29%，观测等位基因数（Na）分别为1.4167和1.3929，有效等位基因数（Ne）分别为1.2846和1.2716，Nei’s基因多样度（h）分别为0.1641和0.1545，Shannon’s信息指数（I）分别为0.2414和0.2263，遗传相似度（S）为分别0.8302和0.8401，遗传距离（D）分别为0.1872和0.1762。各项指标综合显示，南湾水库翘嘴红鲌、青梢红鲌群体的遗传多样性处于中等水平，翘嘴红鲌遗传多样性略高于青梢红鲌。