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暗紫红毛菜(Bangia atropurpurea(Roth)Agardh)，又名淡水红毛菜，属于真核生物。《中国淡水藻志》中记载，暗紫红毛菜隶属于红藻门（Rhodophyta）、红藻纲(Rhodophyceae)、红毛菜目(Bangiales)、红毛菜科(Bangiaceae)、红毛菜属（Bangia）。中国已报道确定的红毛菜有2种，1种是广泛分布于中国沿海的红毛菜(Bangia fuscopurpurea(Dillw)Lyngbye），另1种是分布于内陆淡水水体的暗紫红毛菜（B.atropurpurea）。 本文以分子系统学手段为主，结合传统的形态分类方法，对采自37°58′N113°52′E山西娘子关泉暗紫红毛菜种群rbcL基因、18SrRNA基因、col基因进行PCR扩增、序列测定和系统发育树构建。结果表明，暗紫红毛菜rbcL基因长度约为1315 p，18SrRNA基因长度约为1777bp，col基因长度约为714 bp，与不同区域暗紫红毛菜的同一基因序列基本一致。选取GenBank数据库中不同分支内的典型基因进行多序列比对，采用最大似然法（ML法）、邻接法(NJ法)、最大简约法（MP法）和贝叶斯法（Bayesian法）构建构建系统发育树。系统树结果显示，不同区域的暗紫红毛菜分为同一分支，而与不同区域的海水红毛菜序列差异较大，处于不同分支。在构建的NJ树、MP树、ML树和Bayesian系统树中，暗紫红毛菜处于较为重要的进化时期，系统树分析结果支持暗紫红毛菜早期与海水红毛菜分离的观点。遗传距离显示，不同区域暗紫红毛菜间的平均遗传距离较小、不同区域海水红毛菜间的平均遗传距离较小，而暗紫红毛菜与海水红毛菜间的平均遗传距离相对较大，说明山西娘子关泉的红毛菜是独立于海水红毛菜存在的另1个物种B.atropurpurea。 此外，对暗紫红毛莱psaA基因、psbA基因、ITS序列、cox2-3基因进行PCR扩增、序列测定，测序所得psaA基因长度约为811bp，psbA基因长度为约914bp，ITS序列长度约为1226bp，cox2-3基因长度约为473bp。由于暗紫红毛菜地域分布有限，藻体采集相对困难，目前，暗紫红毛菜以及海水红毛菜psaA基因、sbA基因、IT序列、cox2-3基因在GenBank数据库中可参考的数据不多，未能做系统树进行深入分析，但本研究测得的基因序列，将会为以后红毛菜植物的分子系统学研究提供有效资料。