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本研究选取籼稻ZYQ8和粳稻JX17杂交后代DH群体(ZJDH)100个稳定株系为材料。在采用SLAF-seq方法构建高密度SNP遗传图谱的基础上,研究水稻叶毛性状在籼粳杂交后代DH群体中的分布,定位叶毛性状QTL位点,同时利用RiceVarMap数据库中的籼粳水稻品种测序数据,分析水稻基因组中籼粳高分化区域或位点。探讨联合连锁分析和关联分析定位水稻籼粳分化相关基因的新途径。主要结果如下:1、叶毛性状在水稻ZJDH群体中呈双峰分布,偏籼与偏粳株系数的比值符合1:1的比例,表明叶毛性状基因至少存在一对主效基因位点控制。2、检测出了4个水稻叶毛性状的QTL位点,LOD值为5.05~27.04,单一位点的贡献率为20.60~71.40%,都分布在水稻第6号染色体上相邻区域。其中的qlp6-1位点,LOD值为27.04,贡献率为71.40%。3、在水稻第6号染色体上筛选到SNPs共560,256个。对单个SNP的籼粳群体遗传分化系数(Fst)分析发现,第6号染色体上存在两个籼粳高分化区域。比较分析发现这两个区域正好位于叶毛性状QTL区域内。表明水稻第6号染色体上籼粳高分化区域和叶毛性状QTL区间的重叠区域,可能存在叶毛基因的位点。4、选取叶毛QTL区间1(qlp6-1,qlp6-2)关联分析筛选叶毛性状相关基因,共发现Fst>0.8的非同义SNPs 1317个,分布在420个基因中。排除籼稻群体中的75个假基因,剩余345个基因,这些基因中可能存在控制水稻叶毛性状的候选基因。