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准噶尔盆地位于欧亚大陆腹地,是典型温带荒漠区,也是欧洲和亚洲生物交汇过渡带。该地区蕴藏着独特的生物资源,但荒漠生态脆弱,植物病原菌物已成为其潜在威胁。2011年6月至2016年10月共5次对准噶尔盆地及周边荒漠地区的荒漠植物病原菌物进行了调查,共采集到3298号荒漠病原菌物标本,鉴定出400种,隶属于23科65属,另有3个属暂未确定科级分类地位,其中卵菌2科10属34种,子囊菌14科35属160种,担子菌7科23属196种;优势类群为Puccinia 100种、Uromyces 38种、Erysiphe 31种、Septoria 29种;对其中的白锈菌科Albuginace、多胞锈菌属Phragmidium、壳针孢属Septoria及其近似属进行了重点的分类和分子系统学分析;通过致病性实验或样地调查分析详细讨论了Alternaria kareliniae、Puccinia tulipae等病原菌可能是荒漠生态和农林业生产的潜在威胁。通过形态结合分子系统学研究,在准噶尔盆地及周边荒漠地区的荒漠植物上共发现植物病原菌物新属2个:类亚球壳孢属Parasphaerulina B.Xu,S.H.Zhang&Z.D.Jiang、云章黑粉菌属Yunchangia L.Guo&B.Xu;新种15个:小甘菊脓疱白锈Pustula cancriniae B.Xu&Z.D.Jiang、准噶尔脓疱白锈Pus.junggarensis B.Xu&Z.D.Jiang、新源脓疱白锈Pus.xinyuanensis B.Xu,Y.J.Choi&Z.D.Jiang、彩花白粉菌Erysiphe acantholimonis J.G.Song,B.Xu&H.D.Shin、鹅绒藤新拟亚隔孢壳Neodidymelliopsis cynanchi B.Xu,S.H.Zhang&Z.D.Jiang、天山新壳针孢Neoseptoria tienshanensis B.Xu&Z.D.Jiang、骆驼刺生类亚球壳孢Parasphaerulina alhagicola B.Xu,S.H.Zhang&Z.D.Jiang、旋花生壳针孢Septoria convolvulicola B.Xu&Z.D.Jiang、花花柴壳针孢Sep.kareliniae B.Xu&Z.D.Jiang、棘豆壳针孢Sep.oxytropis-glabrae B.Xu&Z.D.Jiang、花花柴链格孢Alternaria kareliniae B.Xu&Z.D.Jiang、尖刺多胞锈菌Phragmidium rarispinosum B.Xu,M.Ebinghaus&D.Begerow、新疆多胞锈菌Ph.xinjiangensis B.Xu,M.Ebinghaus&D.Begerow、果生多胞锈菌Ph.fructigenum B.Xu,M.Ebinghaus&D.Begerow、云章碱茅黑粉菌Yunchangia puccinelliae L.Guo&B.Xu。新组合5个:二跗节石竹壳针孢Caryophylloseptoria dimera(Sacc.)B.Xu&Z.D.Jiang、锦鸡儿亚球壳孢Parasphaerulina caraganae B.Xu,S.H.Zhang&Z.D.Jiang、决明子类亚球壳孢Par.thermopsidis(Murashk)B.Xu,S.H.Zhang&Z.D.Jiang、锦鸡儿球壳孢Sphaerulina caraganae(Henn.)B.Xu&Z.D.Jiang、黄芩亚球壳孢Sph.scutellariae(Thüm.)B.Xu&Z.D.Jiang;中国新记录种26个:毛氏白锈Albugo mauginii、独行菜白锈Alb.lepidii、蒺藜假粉孢Pseudoidium tribuli、辣根尾孢Cercospora armoraciae、白腊钉孢Passalora fraxini、雀苣钉孢Pas.scariolae、羊角芹壳针孢Sep.aegopodii、狼紫草壳针孢Sep.anchusae、菊壳针孢Sep.leucanthemi、卷耳壳针孢Sep.cerastii、藜壳针孢Sep.chenopodii、柳兰壳针孢Sep.epilobii、鼠尾草壳针孢Sep.salvia、景天壳针孢Sep.sedi、千里光壳针孢Sep.senecionis、泽芹壳针孢Sep.sii、金丝桃亚球壳孢Sph.hyperici、蒂罗尔亚球壳孢Sph.tirolensis、刺头菊柄锈菌Puccinia cousiniae、冰柄锈菌Puc.frigida、琵琶柴柄锈菌Puc.reaumuriae、郁金香柄锈菌Puc.tulipae、彩花单胞锈菌Uromyces acantholimonis、大麻春孢锈菌Aecidium cannabis、马先蒿春孢锈菌Aec.pedicularis、斑叶兰夏孢锈菌Uredo goodyerae;确认3个可疑种在中国的分布,分别是紫色多胞锈菌Ph.violaceum、墨西哥多胞锈菌Ph.mexicanum和锦葵柄锈菌Puc.malvacearum。新寄主植物27个。基于cox2序列对白锈菌科Albuginaceae进了系统学分析,进一步证明了该科中Albugo、Wilsoniana和Pustula分别为单系群,且宿主专化性明显。本研究首次在田旋花科Convolvulaceae植物上发现Pustula,改变了之前认为Pustula不寄生菊亚纲Asteridae田旋花科植物的观点。根据白锈菌科系统学分析以及与寄主的关系,提出白锈菌可能的进化历程,即由最古老的类群Albugo再演化形成Wilsoniana和Pustula,寄主植物经十字花科Brassicaceae至苋科Amaranthaceae再到菊科Asteraceae;在进化过程中可能存在多次的宿主跃迁,包括Albugo寄生性从Brassicaceae到Leguminocae的演化以及Pustula寄生性从Convolvulaceae到Asteraceae的演化过程。基于LSU序列探讨了多胞锈菌属Phragmidium的系统发育及Phragmidium与宿主之间的演化关系。结果表明Phragmidium为单系类群,其演化过程是伴随着蔷薇科Rosaceae植物各个属、种间的相互杂交呈现出网状的进化谱系;宿主跃迁现象在Phragmidium系统演化过程中广泛存在,同时是物种分化和形成的重要驱动力。基于ITS、LSU、RPB2、EF-1α和β-tubulin多位点序列联合分析结合形态学特征,探讨了收集自新疆的Septoria及其近似属真菌的系统分类。ITS和LSU两个片段在种级和属级划分上区分度较低,EF-1α、β-tubulin和RPB2三个片段则区分度较高,而通过以上五个片段联合分析可很好地阐明Septoria及其近似属的属级分类关系以及绝大部分种级分类关系,从而有效解决以形态学及单一基因片段不能区分一些物种的难题;五个片段联合分析还表明细盾霉属Leptothyrium隶属于球腔菌科Mycosphaerellaceae,而非前人根据形态学研究认为的壳霉科Sphaeropsicaceae。