随着我国高等教育管理体制改革的不断推进，我国的高等院校面临着很大的机遇和挑战。由于高校扩招政策和高校办学规模的扩大，对资金流量的需求也日益增加。因此，如何合理并有效的评价高等院校预算绩效已经成为高等院校财务管理研究的重要课题。进行高校预算绩效评价研究，有利于高校提高资金使用的科学性和效益性，对高校各项工作的良好发展有着极其重要的意义。本文借鉴了国内外绩效评价相关理论的研究成果，深入分析了我国高等学校预算管理的现状及存在问题，在此基础上针对我国高等院校的实际情况，运用平衡积分卡的核心思想，以平衡积分卡的四个维度：财务维度、顾客维度、内部运营维度和学习与成长维度为一级指标构建适合我国实际情况的高等院校的预算绩效评价指标体系，采用层次分析法对各评价指标进行赋权，然后采用问卷调查法收集数据来确定指标的隶属度，最后运用模糊综合评价法进行综合评价。为验证本文所构建的高校预算绩效评价指标体系的有效性和可行性，选取M高校2012年的实际数据，运用所构建的高校预算绩效评价指标体系和模糊综合评价法进行具体的案例分析，并对评价结果进行分析，提出具体的改善建议。