当今的世界是变革中的世界，当今的中国是变革中的中国，全球经济一体化和我国医药产业政策更给整个医药行业带来了巨大的影响。经过GMP认证后的4000多家的制药企业普遍存在着规模小、资金短缺、融资渠道不畅、销售网络建设落后、产品竞争优势弱的实际情况，因此药品代理制度是目前药品销售采用的主要营销模式。本文对制药企业的药品代理制度进行研究，运用新制度经济学的理论工具(交易费用理论和委托代理理论)、对比分析法、例证法、理论和实际经验相结合的研究方法对药品代理制度的有效性和可发展性进行论证，对采用药品代理制导致的交易双方矛盾表现和根源进行分析，提出对药品代理制度的创新变革，目的是通过理论工具结合实际工作难题的研究为制药企业的营销工作提供指导作用。从内容安排上来看，本文首先从制药企业所处的药品营销环境开始分析，提出制药企业面临的营销难题，通过运用新制度经济学的理论对我国制药企业的药品代理制度进行有效性和可发展性研究，把药品代理制度和自建营销网络两种营销模式在交易成本基础上进行对比分析，肯定了药品代理制度是有效的、可以继续发展。本文接着分析伴随药品代理制度而来交易双方之间的矛盾，最后对解决矛盾的办法进行探讨，认为制药企业应该积极地改变营销思路，通过营销组织的创新变革(将代理经销商纳入企业内部人才资源管理体系)来更有效地利用药品代理制度，使代理成本尽可能降低，使代理(经销)商成为认同企业战略目标的战略伙伴，变松散合作为紧密合同，使制药企业提高竞争能力，达到在激烈的市场竞争中站稳并平稳地发展的目的。