本研究对分布于东北地区黑龙江流域的杂色杜父鱼线粒体全基因组序列进行了测定和分析,同时构建系统发育树,系统发育树原始数据来源于杜父鱼科鱼类中与杂色杜父鱼不同的其他11种杜父鱼科鱼类DNA全基因组序列,全12种包括本研究中的杂色杜父鱼样本。此外,采用线粒体基因全序列基因中的12S r RNA基因和D-loop控制区为分子标记,本研究所有样本来自于分布在东北地区的黑龙江、松花江、图们江、鸭绿江四大流域的杂色杜父鱼,四大流域共取得55个样本,经过对珍贵样本进行遗传多样性研究与数据分析,得出研究结论:1.杂色杜父鱼线粒体全基因组数据结论与分析本研究中杂色杜父鱼体内的线粒体基因组序列经检测为全长为16 528 bp,A+T的含量为52.11%,G+C的含量为47.89%,具有明显的AT偏倚性。其中NAD6和8个t RNA在L链上编码,其余在H链。在编码蛋白质的基因中,起始密码子有3种（ATT,ATG,and GTG）,终止密码子有3种（TAA、TAG、T--）,全基因组的偏向性密码子总数量为34个。相比较r RNA相对比较保守,t RNA和r RNA可成二级结构,性质较为活泼,而变异性质与变化程度较大的则为D-loop控制区。基于线粒体DNA全基因组序列构建杜父鱼科（12种）鱼类的系统发育树。2.黑龙江流域杂色杜父鱼两种基因及其联合序列的遗传多样性分析遗传多样性研究选用杂色杜父鱼线粒体基因组中的D-loop控制区与12S r RNA基因以及其联合基因共同分析,经过实验以及测序数据分别获得D-loop控制区930 bp的基因序列有效长度以及12S r RNA 780 bp的基因序列有效长度。结果显示,本研究10个群体的单倍型多样性值均较高,核苷酸多样性值均较低;基于12S r RNA基因分析,分子方差分析显示杂色杜父鱼的种群内部之间的变异现象为主导地位的遗传变异原因,中性检验和核苷酸不配对分析,杂色杜父鱼种群在四个采样点河流的发展历史上从未出现过任何有关于其种群扩张的现象;二者联合基因序列以及D-Loop控制区序列联合分析得知,显示群体间遗传分化程度的分子方差分析已经达到显著水平,而其中性检验和核苷酸不配对分析得知,杂色杜父鱼种群在四个采样点河流的历史上可能经历过种群扩张。推理结果得出,在黑龙江、松花江、图们江以及鸭绿江四个水系中采到10个群体的杂色杜父鱼,其之间的基因流动可能存在屏障,东北平原四大流域途径地区较多产生地势差异,以及其自身生存环境较为特殊等原因可能导致杂色杜父鱼种群迁徙与其各个群体之间的基因交流产生障碍。