国库集中支付制度采用了国库单一账户体系,采取信息化流程,将公务活动消费由现金改为刷卡,使财政资金由“分散”变得“集中”,资金支付由“中转”变成“直达”,显著提高运行效率、透明度和资金调度能力。F市国库集中支付制度运行自2005年3月,至今已15年,逐渐趋于成熟,但是还有一些典型性问题显现出来。本文运用委托代理理论和制度创新理论,从F市财政国库集中支付制度运行现状入手,梳理了其不足之处:代理银行工作效率滞后;预算单位思想观念保守;预算编制不规范;监管力量不足和财政信息系统运行效率低等。本文进行深入分析,认为导致这些问题的因素包括委托方与代理方利益差异及矛盾、F市国库集中支付制度运行的配套机制缺失和F市国库集中支付制度运行外部环境较为严峻,进而针对性的提出以下解决措施,协调好财政部门、预算单位和代理银行之间的关系、提升F市预算单位财务人员综合素养、健全预算管理体制、完善财政资金监督机制和强化国库管理信息系统的建设,为地方国库集中支付制度有效的运行提供具有现实意义的实践方法,也为今后相关领域的研究提供一定理论参考。