阿拉善高原地处内蒙古西北干旱区,具有荒漠化、沙化等特点,珍珠猪毛菜（Salsola passerina Bunge.）是一种超旱生半灌木,具有抗风沙、耐旱等特点,是荒漠地区重要的建群种之一。阿拉善高原的生态环境相对恶劣,使得珍珠猪毛菜无论是外部的形态特征还是内部的生理结构以及遗传特征方面都发生了变化以适应环境。因此,选用SSR（Simple Sequence Repeat）分子标记技术,对在阿拉善高原按照湿润度梯度采集的7个不同类型生境的珍珠猪毛菜居群,进行遗传多样性分析并结合各相应样点的气象因子和土壤因子,分析了环境因子与遗传特性的相关性以及环境对其形态的影响,着重从分子水平研究珍珠猪毛菜对恶劣环境的响应。研究得到的结论主要有:1)植株形态特征与环境因子相关性分析表明:7个珍珠猪毛菜居群的平均株高是14.73cm,平均冠幅是627.77cm²,种群间的株高、冠幅差异性极显著（P<0.001）,形态的分异是珍珠猪毛菜长期适应环境的结果,也是对多样环境的适应对策。相关性分析显示:植株冠幅与平均相对湿度以及0¹0cm表层土壤的有机质含量有显著相关关系（P<0.05）;植株高度与0¹0cm的土壤有机质存在显著相关关系（P<0.05）。7个样点的PH值都在7¹0之间,土壤呈弱碱性。2)SSR遗传多样性分析显示:珍珠猪毛菜具有丰富的遗传多样性,筛选出14对引物共扩增出多态性条带177,多态位点百分比高达98.33%。7个珍珠猪毛菜居群物种水平上的Nei’s基因多样性指数和Shannon信息指数分别是0.2507和0.3951。居群水平上的遗传分化系数(G_ST)为0.3137,居群间的基因分化指数(F_ST)为0.3620,种群间发生了很高的遗传分化,这是珍珠猪毛菜适应多样环境,较广泛分布的遗传基础。种群间基因流Nm是1.0939>1,珍珠猪毛菜不易产生遗传漂变,可以保持种群内的遗传多样性水平。分布在水热条件较好地区的居群1和居群2具有高的遗传多样性,随着样地湿润度梯度降低,种群的遗传多样性也表现出下降趋势。3)聚类分析显示:各居群彼此之间能够被明确区分开,表现出沿着湿润度梯度降低的方向自东向西逐渐聚类的形式。Mantel检验的结果说明7个珍珠猪毛菜居群的地理距离与遗传距离间,无显著相关关系。4)遗传多样性与各环境因子的相关性分析表明:逐步回归分析结果得出等位基因数、Nei’s基因多样性指数、多态位点百分率、多态位点数、Shannon多样性指数和有效等位基因数都与0¹0cm表层土壤有机质含量有显著相关关系（p<0.05）;Nei’s基因多样性指数、有效等位基因数、Shannon多样性指数与有效积温有显著相关关系（p<0.05）,这说明土壤因子和气象因子均对珍珠猪毛菜遗传特征有显著影响。5)研究结果显示阿拉善高原天然分布的珍珠猪毛菜种群遗传多样性丰富,遗传分化程度高,能很好地适应不同的生境。