随着深化教育改革的不断推进,高校机关行政效能呈现出新的时代特征和问题,高校如何运用大学治理现代化理论分析和解决高校机关行政效能方面的问题,促进机关示范引领作用的发挥,提高机关现代化的治理能力,建立起大学治理现代化体系,实现高校现代化的发展具有重大的理论和实践意义。高校机关行政效能是指高校机关各部门在实施行政行为时,以较小的资源投入来实现最佳的工作目标,达到资源配置的最优状态。主要应该从主观、客观两个方面,组织、成本、决策、执行、程序等五大主要指标进行具体的衡量和评估。本文通过总结归纳国内外文献及研究成果、问卷调查、个别访谈等方式,以坐落在川南地区的西南医科大学、四川警察学院、四川轻化工大学、宜宾学院、乐山师范学院、内江师范学院等六所本科院校为研究对象,对川南本科院校的机关行政效能进行实证分析,根据问卷结果,将川南本科院校机关行政效能存在的问题概括为五个方面:一是组织方面:党组织作用发挥不够,组织机构和人员配置系统性不强;二是成本方面:预算规划、执行科学性不够,资源分配不均衡;三是决策方面:顶层设计的统筹谋划不够,决策制度、行为有待规范,师生缺乏有效参与和监督;四是执行方面:二级院系主观能动性发挥受限,管理监督考核制度不完善,机关工作人员教育管理知识与能力不足;五是程序方面:办事流程化、规范化、标准化建设不够,信息化程度不够。为进一步提出提升川南本科院校机关行政效能的有效措施,本文借鉴了国内外一流大学的相关经验,提出五个方面的对策建议:一是坚持党的领导,构建以党组织为核心的治理体系,优化机关组织机构和人员配置,提升组织效能;二是优化资源分配,完善机关预算审计制度和过程管控,优化物资资源分配机制,提升成本效能;三是坚持依法治校,加强现代化内部治理的顶层设计,坚持依法行政,完善决策机制,畅通沟通渠道,强化师生参与和监督,提升决策效能;四是坚持放管结合,明确责权利,完善校院二级管理体系,优化考核评价体系,突出正向激励,加强教育培训,提升人员服务能力,提升执行效能;五是坚持规范流程,提高办事效率,建立整合的大数据系统,推进信息化建设,提升程序效能。