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应用RAPD与ISSR技术对39份不同地方果蔗品种和外引黑皮果蔗Badila进行了种质遗传多样性分析。分别从100条RAPD引物和100条ISSR引物中筛选出适合果蔗种质分析的23条RAPD引物和28条ISSR引物用于RAPD和ISSR分析。23条RAPD引物共扩增出250条带，多态性条带数为175，多态性条带比率为70％；28条ISSR引物共扩增出301条带，多态性条带数为232，多态性条带比率为77.1％。基于扩增条带数据库建立了各自的Jaccard遗传相似系数矩阵，构建了趋势相似但不完全相同的分子树状图，将40份果蔗种质分为四组：第一类为已鉴定为杂交种的白鳝、歪干担、肚度、温岭果蔗以及人工杂交选育的果蔗品种474；第二类为外引黑皮果蔗Badila和丰城紫皮果蔗；第三类为单独的广东黄皮果蔗一类；第四类为32份地方果蔗品种，包括福建、江西、浙江、广西、云南等省的不同地方果蔗品种。两种分子标记的分析结果呈极显著相关(r=0.9471)。结果表明：RAPD与ISSR标记适合于果蔗种质遗传多样性分析，ISSR标记技术在果蔗遗传多样性分析上比RAPD技术更适用。