马家沟流域作为黄土高原丘陵沟壑区典型流域，与同一区域的其他流域相似，为了水土保持的目的，经历了一个长期的生态恢复的时期。在这一时期里，当地的农业经济的发展由于自然状况和生态保护强烈需求的客观原因，一直处于发展缓慢的状态。时至今日，流域内的生态恢复程度良好，积累了大量的自然资源，而发展缓慢的农业经济就出现了相对滞后的特征。从耦合研究的角度来讲，马家沟流域的农业资源与产业耦合水平不足，大量的自然资源积累未能支撑起农业产业的发展。为了找到区域内农业经济发展的可行路径，提高流域的资源与产业耦合水平，给当地制定农业经济发展目标的制定提供合理的依据，本文从商品型生态农业理论与系统耦合的共同视角来解读区域发展现状，借鉴了日本农业现代化的经验，使用了耦合分析以及线性规划的方法，结合水土保持以及碳汇领域的研究成果，设定适宜于不同条件下的优化情景，最终给马家沟流域未来的农业经济发展提出了科学合理的建议。在对马家沟的研究中，本文得到了以下结论和建议：（1）劳动力转移的行为极大地影响了当地农业的发展，使得当地农业必须走提高劳动生产率的发展道路。通过对农户数据的耦合分析，发现流域内的农业产业对农业资源的利用效率较低，处于磨合耦合的状态。建立能够从质量和数量上有效地利用当地农业资源的发展模式，是流域从磨合耦合态势进入高水平耦合态势的关键。（2）当地农业产业的发展需要规模化，但是政府补贴并不是建立规模化产业的充要条件，由于农业合作组织在既有背景下难以发挥作用，资源与产业的整合更应交由企业来完成。另外，借鉴日本的经验，水利化、水肥化应当先于农业机械化。（3）流域内的苹果业应放慢扩张速度，将工作重心转移至如何建立精细化管理的果园，以期提高流域内果园整体效益。而大棚业重点保持现有规模，以提高单产为进一步发展目标。由于从外部环境来看，当地传统的养羊业前景良好，因此应在流域自然资源承载力的范围之内尽量扩大规模。碳汇生产作为可以考虑的产业之一，在促进生态经济发展的同时，还有助于调整区域的产业结构，但是前提是必须建立良好的碳汇交易机制和交易市场。在此之外，当地政府还应加大测土配方，精量播种等先进农业措施的普及，进一步提高单产，从而在保证粮食自给的前提下，给其他产业的发展腾挪出足够的空间。（4）根据区域可能的发展路径，设置了现状优化，以及开放林下草后的养羊业圈养，“舍饲+轮饲”，圈养+碳汇，“舍饲+轮饲”+碳汇五种优化情景。在各情景的优化之后，人均收入均得到了较大的提高，分别较优化前提升了13.89%，29.12%，31.54%，19.1%，20%，同时林草覆盖率稳中有升，水土流失程度也有可观的下降，分别下降了12.64%，10.1%，10.22%，14.61%，14.87%。优化方案应根据流域的实际情况来选择，如果林下草适度开放和碳汇交易市场建立健全的条件充分具备的话，情景5的优化发展方案是最优的。