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本研究从锰矿淤泥分离到一株革兰氏阴性、好氧、不运动性、产荚膜短杆状的细菌JH-7~T。分析发现菌株JH-7~T可以耐受6%的NaCl和多种重金属和抗生素。该菌株在纯培养条件下可有效的去除锰离子。菌株JH-7~T在重金属污染的生物修复等应用上表现出较好的潜力。16S rRNA基因序列分析表明,菌株JH-7~T与Pseudaminobacter salicylatoxidans BN12T,Mesorhizobium thiogangeticum SJTT和Pseudaminobacter defluvii THI 051T序列相似性最高,分别为97.4%、97.0%和96.5%。系统发育进化树显示菌株JH-7~T与Pseudaminobacter属的2个菌株聚类在一起。菌株JH-7~T与P.salicylatoxidans BN12T和P.defluvii THI 051T的DNA-DNA杂交值分别为34.8%和20.1%,主要的脂肪酸(>10%)为C18:1ω7c,C19:0 cycloω8c和C16:0,基因组G+C含量为61.6 mol%,多胺为对高亚精胺(83%)和腐胺(17%),唯一的呼吸醌为泛醌-10(Q-10),极性脂成分是磷脂酰单甲基乙醇胺(PME)、双磷脂酰甘油(DPG)、磷脂酰甘油(PG)、磷脂酰胆碱(PC)、2种未知的氨脂(AL)和2种未知的极性脂(L)。与Pseudaminobacter属的参考菌株相比,菌株JH-7~T在生理生化分类特征上又表现出了一定的特异性。例如,菌株JH-7~T在产硫化氢、水解吐温40和吐温60、脂肪酶(C8)活性、核糖的利用等反应上都是阴性的;而在D-半乳糖产酸和D-果糖的利用反应上都是阳性的。通过以上多相分类学分析,菌株JH-7~T被认为是一株Pseudaminobacter属的新种,命名为锰矿甲氨基杆菌Pseudaminobacter manganicus sp.nov.。为了从基因组层面进一步明确菌株JH-7~T的系统分类学地位,并探索其在重金属抗性、耐盐和耐抗生素等多个抗逆特征的基因组学基础,我们测定了菌株JH-7~T的基因组草图。菌株JH-7~T基因组大小为4,842,937 bp,包含了60个contig,4504个编码基因,71个RNA基因。比较基因组学分析发现,菌株JH-7~T与参考菌株Pseudaminobacter salicylatoxidans KCT001在基因组大小、G+C含量和蛋白编码基因数是相似的,而ANI(Average Nucleotide Identity)比对结果为75.9%,表明这两株菌具有明显的种间差异。菌株JH-7~T基因组中存在多个与菌株抗逆性相关的基因,这些基因大多是编码转运蛋白和外排蛋白,它们能够保持菌株胞内外物质的平衡,使菌株能够应对各种复杂的有害环境。例如,MntH是一个二价阳离子转运蛋白,能够有选择性的对于Mn2+、Cd2+、Zn2+等离子进行吸收,从而减少他们胞内的积累。糖基水解酶的预测分类结果表明,菌株存在多个肽聚糖水解酶,有潜在的应用价值。总之,本研究结果增强了对锰矿地区微生物种群结构的认识,丰富了Pseudaminobacter属的多样性,为其后续在重金属污染修复等的应用上提供了微生物和基因组资源。