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本研究对应用轮回选择法经过优中选优得到的黄花蒿JS、CQ、CS、GX四个系统的8个株系(即育种系)进行品系比较试验，并对种子繁殖体系进行了研究，得到以下结果：GX、CQ系统植株高大，CS的次之，JS的最矮；GX、JS系统的茎较粗，节间距长，CS的次之，节间距短，CQ的茎最细，节间距中等；CS和GX系统的茎枝夹角较大，JS和CQ系统的夹角较小；CS系统的分枝数最多，CQ和GX系统的次之，JS系统的最少；JS系统和CQ系统株型紧凑，前者叶片多为狭裂紧密小叶型，后者多为狭裂紧密大叶型，CS系统和GX系统的株型较为疏松，前者叶片多为宽裂紧密小叶型，后者多为宽裂紧密大叶型。黄花蒿四个系统中，以CS系统的青蒿素群体含量最高，达0.921％，变异系数较小，为10.5％；JS系统的次之，为0.912％，变异系数最大，为21.3％；GX系统的群体含量为0.811％，变异系数最小，为8.9％；CQ系统的含量稍低，为0.797％，变异系数为12.6％，各个系统的青蒿素群体含量均比较高且较稳定。干叶产量以GX系统的最高，CQ系统的次之，CS和JS系统的较低。青蒿素产量以CS系统的最高，为1.580 kg/667m~2；GX系统的次之，为1.567 kg/667m~2；JS系统和CQ系统的较低，分别为1.477 kg／667m~2和1.368 kg/667m~2。通过逐年的选择，高含量及较高含量单株在整体中所占的比例逐年增加，育种系的平均含量在逐年提高和稳定，从0.778％升高到0.862％，变异系数有所下降。各育种系间，青蒿素群体含量相差较大，在1％水平达到显著，育种系内部也存在一定的变异幅度，5.80％～17.34％不等。2006年通过选择得到的较优株系有：06001(JS，1.021％)、06011(CS，0.960％)、06008(CS，0.923％)、06002(JS，0.892％)，这些株系相对于其他株系有较高的群体平均含量，变异系数较小。从生产种子的角度出发，黄花蒿的最适播种期是5月10号之前，播种越早，种子的产量越高，越冬播种的材料植株种子产量最高。5月10日～6月5日之间是黄花蒿种子的播种安全期，6月5日是黄花蒿种子的播种临界期，在之后黄花蒿种子不能成熟。正常播种的黄花蒿种子繁殖田与生产田的比例为1：6000以上，1亩苗床播种1kg黄花蒿种子能满足300～500亩生产田的用苗，其苗床面积与生产田面积的比例为1：300～500。