改革开放以来，我国财政收入不断增长，财政支出规模不断扩大。伴随财政支出不断扩大的是我国财政赤字连年增长，财政专项支出存在缺乏规划、效果不佳、浪费严重等问题，因此政绩工程、形象工程、重复工程等情况屡屡出现，而随着纳税人意识的觉醒，以及民主财政思想的深入人心，纳税人对政府部门财政支出效果的关注度日渐加大，对政府的要求也越来越高。新世纪以来，我国开始推行财政专项资金绩效评价工作，随着绩效评价工作的开展，一些省市开展尝试将监督环节前移，变单纯财政专项资金事后绩效评价为事前、事中、事后相结合的预算绩效管理，通过几年的发展，一些省市基本构建了“预算编制有目标、预算执行有监控、预算完成有评价、评价结果有反馈、反馈结果有应用”的预算绩效管理体系，财政专项资金预算绩效管理工作取得了明显的进展。但我国预算绩效管理体系仍存在绩效目标申报不够完善、绩效目标跟踪监控浮于形式、绩效目标结果应用不力等问题，需要深入研究并加以解决。　　本文通过阐述X——无效率理论、新公共管理理论、委托代理理论和公共选择理论来分析专项资金预算绩效管理的理论基础以及存在问题的根源。以仙居县财政专项资金预算绩效管理为个案，简要阐述了仙居县预算绩效管理的发展轨迹以及现行预算绩效管理模式，分析了仙居县现行预算绩效管理制度中存在的一系列问题，比如管理体系存在问题、目标申报存在漏洞、跟踪监控环节缺少实质性监控以及结果应用缺位等。并深入剖析这一系列问题产生的根本原因在于职能关系未能理顺、制度框架不够完善、社会参与机制未建立。　　同时分别选取美国、英国、日本等国家绩效预算实践分析其所取得的成效，并与国内上海闵行、广东省、江苏省的预算绩效管理实践进行对比，寻找不足点和共同点，为我国预算绩效管理改革找出可以借鉴和发展的方向。　　最后针对之前提出的仙居县预算绩效管理存在的问题，以小见大，针对性的提出解决问题的方案，提出构建合理科学的组织实施制度、强化预算绩效管理基础工作、完善预算绩效目标申报体系、完善预算绩效目标跟踪监控体系以及完善预算绩效管理结果应用体系，作为完善我国财政专项资金预算绩效管理的基本思路。